日曜日, 12月 17, 2017

フリーの最適化ソフト DAKOTAをFedora24にインストール

cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/dakota /home/.../dakota-6.7.0.src
という感じでインストールを試したところ

CMake Error at CMakeLists.txt:245 (enable_language):
  No CMAKE_CXX_COMPILER could be found.
  Tell CMake where to find the compiler by setting either the environment
  variable "CXX" or the CMake cache entry CMAKE_CXX_COMPILER to the full path
  to the compiler, or to the compiler name if it is in the PATH.
というエラーが出てうまくいきません。
そこで
sudo yum install gcc-c++
を実行して
cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/dakota /home/.../dakota-6.7.0.src -CMAKE_CXX_COMPILER=/usr/bin/g++
を試してみると、今度は
CMake Error at CMakeLists.txt:315 (find_package):
  Could not find a package configuration file provided by "LAPACK" with any
  of the following names:
    LAPACKConfig.cmake
    lapack-config.cmake
  Add the installation prefix of "LAPACK" to CMAKE_PREFIX_PATH or set
  "LAPACK_DIR" to a directory containing one of the above files.  If "LAPACK"
  provides a separate development package or SDK, be sure it has been
  installed.
というエラーが出てしまいます。そこでliblapack.so.3gf(シンボリックリンク)があるのが/usr/lib
なので
cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/dakota /home/.../dakota-6.7.0.src -CMAKE_CXX_COMPILER=/usr/bin/g++ -CMAKE_LAPACK_DIR=/usr/lib
を試してみると、だいぶ進みますが
CMake Error at packages/external/teuchos/cmake/tribits/modules/FindPythonInterp.cmake:119 (IF):
  if given arguments:
    "VERSION_LESS" "2.4"
  Unknown arguments specified
というエラーが出ます。
を参考に
dakota-6.7.0.src/ackages/external/teuchos/cmake/tribits/modules/FindPythonInterp.cmake
を修正します。
今度は
CMake Error at packages/external/teuchos/cmake/tribits/package_arch/TribitsTplDeclareLibraries.cmake:342 (MESSAGE):
  Could not find the BLAS Library! Please manually set BLAS_LIBRARY_DIRS
  and/or BLAS_LIBRARY_NAMES or just TPL_BLAS_LIBRARIES to point to the BLAS
  libraries!
というエラーが出ます。

そこで~/.bashrcに
export BLAS_LIBS=/usr/lib
export LAPACK_LIBS=/usr/lib
と記述して
cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/dakota /home/hiromitsu/Simulation/dakota-6.7.0.src -CMAKE_CXX_COMPILER=/usr/bin/g++ -CMAKE_LAPACK_DIR=/usr/lib/ -DBLAS_LIBS=/usr/lib/libblas.so.3gf.0 -DLAPACK_LIBS=/usr/lib/liblapack.so.3gf.0
と実行すると、さらに進みますが

CMake Error at packages/external/acro/packages/colin/CMakeLists.txt:11 (message):
   Cannot build colin without Boost.  Please enable USE_BOOST and set Boost_INCLUDE_DIR

CMake Error: The following variables are used in this project, but they are set to NOTFOUND.
Please set them or make sure they are set and tested correctly in the CMake files:
Boost_INCLUDE_DIR (ADVANCED)
というエラーが出ます。

今日はここまで。。。

フリーの最適化ソフト DAKOTAをFedora24にインストール(事前準備)

http://mogura7.zenno.info/~et/wordpress/ocse/?p=871#more-871
を参考に、事前準備を実施。

Boostは上記サイトにあるようにインストールできるが、
BLAS, LAPACKは
動的ライブラリ(*.so)が必要とのこと。

そこで
https://qiita.com/AnchorBlues/items/69c1744de818b5e045ab
にある手順をベースにしつつも
make.incのgfortranでのコンパイルオプションに
-fPICを追加してコンパイル。

コンパイル後、
BLAS/SRC/で
gfortran -shared -lpthread -lgomp -o libblas.so *.o
sudo ln -s /home/.../lapack-3.8.0/BLAS/SRC/libblas.so /usr/lib/libblas.so.3gf.0

SRC/で
gfortran -shared -lpthread -lgomp -o liblapack.so *.o
sudo ln -s  /home/.../lapack-3.8.0/SRC/liblapack.so /usr/lib/liblapack.so.3gf
を実行
https://qiita.com/_akisato/items/d5de60e38b5a69387bde
を参考にしてみた)。

ただし、まだ正しく*.soが作成できたかは不明。
これからDAKOTAのインストールを試してみる。

Fedora24用 gfortran rpmファイル

事情により再びFedoraで数値計算をする必要が出たが、
gfortranがyumでインストールできないため
下記サイトからrpmファイルをダウンロードして
インストール。

su
(パスワード入力)
rpm -ivh gcc-gfortran-6.3.1-1.fc24.x86_64.rpm
でインストール

http://rpm.pbone.net/index.php3/stat/4/idpl/39452465/dir/fedora_24/com/gcc-gfortran-6.3.1-1.fc24.x86_64.rpm.html

なんで最新版のFedoraではないかというと、既にインストール済で
その環境をそのまま使いたかったから。

火曜日, 11月 28, 2017

Athena++で並列計算

OpenMPIをインストールした後で
atheta++に関するconfigure実行時に、-mオプションを追加。

make実行時に
mpicxx: error while loading shared libraries: libopen-pal.so.20: cannot open shared object file: No such file or directory
といったエラーが出る場合は、
sudo ldconfig
を実行する。

ただし、現状では
src/outputs/athena_hdf5.cpp
のコンパイルでエラーが出てしまう。

Ubuntu 16.04でVisit+Athena++環境構築(その2)

./athena: error while loading shared libraries: libhdf5.so.101: cannot open shared object file: No such file or directory
というエラーが実行時に出た場合は、
~/.bashrcに
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/hdf5/lib:$LD_LIBRARY_PATH
を追記して、
source ~/.bashrc
を実行してから再度athenaを実行する。

土曜日, 8月 12, 2017

Ubuntu 16.04でVisit+Athena++環境構築(その1)

1. まずはgitをインストール
sudo apt-get install git

2. Athena++をダウンロード
git clone https://github.com/PrincetonUniversity/athena-public-version

3. hdf5ライブラリをインストール
https://www.hdfgroup.org/downloads/hdf5/source-code/
からtar.gzをダウンロード

tar.gzを解凍。

解凍されたディレクトリに移動。

./configure --prefix=/usr/local/hdf5 --enable-fortran --enable-cxx
make -j8
make -j8 check
sudo make install
sudo make check-install

金曜日, 2月 24, 2017

pgplotインストール時のコンパイラ

g77だと
"リンクが完了しなかったのでリンカの入力ファイルは使われませんでした"
というメッセージがたくさん出てしまう。
なのでgfortranに変更する。

LORENEはlibcpgplot.aも使用するので
make cpg
も実行する。

月曜日, 2月 20, 2017

Fedora 24にGSLをインストール

rootで
yum install gsl
を実行。

しかし、libgsl.aが作成されないので、
https://na-inet.jp/na/gsl.html
を参考に、
http://www.ring.gr.jp/pub/GNU/gsl/
から gsl-2.1.tar.gzをダウンロードし、
% ./configure --prefix=/usr/local; make; su
# make install
を実行。

インストールが成功すると
/usr/local/lib/libgsl.a
ができる。