Fedora 23でLORENEコードをインストール

64bit環境なので、まずは
Lorene/Local_settings_examples/local_settings_linux_gcc-4_x86-64
を
Lorene/local_settings
にコピー。

https://github.com/FFTW/fftw3
からzipファイルをダウンロード。
unzipで解凍して、
fftw3-master/api/fftw3.h
を
/usr/include/
にコピーする。

mkdir /user/include/gsl
を実行したのち、
https://github.com/ampl/gsl
からzipファイルをダウンロード。
unzipで解凍して、
gsl-master/
もしくは
gsl-master/specfunc/
にある
gsl_inline.h
gsl_precision.h
gsl_sf_result.h
gsl_mode.h
gsl_sf_bessel.h
gsl_types.h
を
/usr/include/gsl/
にコピーする。

最後に
Lorene/
でmakeを実行する。

gccのバージョンの確認方法

gcc -dumpversion

dviファイルからpdfファイルに変換

dvips
でpsファイルに変換。

ps2pdf
でpdfファイルに変換。

Ubuntu14.04のpdfビューア

http://sicklylife.hatenablog.com/entry/2014/10/04/204523

evince

Ubuntu 14.04にlatexをインストール

http://qiita.com/ynakayama/items/706ae9e59c1b6fd3e3d2
を参考にインストール。

sudo apt-get -y install texlive # 本体
sudo apt-get -y install texlive-lang-cjk # 日本語版 (UTF8 対応)
sudo apt-get -y install xdvik-ja # プレビューを見るのに必要
sudo apt-get -y install dvipsk-ja # DVI から PostScript への変換用
sudo apt-get -y install gv #  Ghostscript 、 ps 形式の図を取り込んだ文書の作成用
sudo apt-get -y install texlive-fonts-recommended texlive-fonts-extra # TeX 用フォント

を実行。 

Ubuntu16.04にTensorFlowをインストール

深層学習が流行りということで、
とりあえずライブラリ（TensorFlow）をインストールしてみる。

OSはUbuntu 16.04。

まずはAnaconda（Pythonのパッケージとのこと）をインストール。
http://pythondatascience.plavox.info/python%e3%81%ae%e3%82%a4%e3%83%b3%e3%82%b9%e3%83%88%e3%83%bc%e3%83%ab/anaconda-ubuntu-linux/

conda -V
を実行する前に
source ~/.bashrc
を実行すること。
もしくは新しいterminalを立ち上げてから実行する。

TensorFlow自体のインストールは下記サイトを参考に実行。
http://pythondatascience.plavox.info/tensorflow%E3%81%A7%E3%83%87%E3%82%A3%E3%83%BC%E3%83%97%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%83%8B%E3%83%B3%E3%82%B0/ubuntu-linux%E3%81%AB%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB/

IllinoisGRMHDインストール方法 備忘録 追記

●事前の準備
・gitのインストール
yum （もしくはapt-get） install git

・subversionのインストール
yum （もしくはapt-get） install subversion

・Einstein Toolkitのインストール

curl -kLO https://raw.githubusercontent.com/gridaphobe/CRL/ET_2016_05/GetComponents
chmod a+x GetComponents
./GetComponents --parallel https://bitbucket.org/einsteintoolkit/manifest/raw/ET_2016_05/einsteintoolkit.th

・OpenMPIのインストール

http://hi-a-tus.hatenablog.com/entry/2014/11/30/120452

を参考にする。

gfortranでのライブラリのパスのあて方

http://myfuturesightforpast.blogspot.jp/2014/12/gfortran-has-no-include-and-library.html
にあるように、LD_LIBRARY_PATHの変数に登録しても、
パスは通らない。

-L/home/...といった感じでコンパイル時のオプションで指定するか、
/usr/local/libにコピーする必要がある。

Ubuntsu 14.04でLAPACKを使う

まず、準備としてコンパイラをインストール。

sudo apt-get install gcc g++ gfortran

を実行。

実際のLAPACKのインストールは

http://qiita.com/AnchorBlues/items/69c1744de818b5e045ab

にある通りに実行する。 

IllinoisGRMHDインストール方法 備忘録

Fedoraにインストールするための備忘録。

http://math.wvu.edu/~zetienne/ILGRMHD/getstarted.html
を参考にすれば、基本的にはOK。

Step 4 の前に
cp simfactory/mdb/optionlists/ubuntu.cfg .
を実行する。

 ubuntu.cfgをエディタで開き、MPI_DIR = 以降にOpenMPIを
インストールしたディレクトリを指定。
http://hi-a-tus.hatenablog.com/entry/2014/11/30/120452
を参考にインストールした今回は、
/usr/local/openmpi-1.10.3_gcc-5.3.1/
を指定。
 
Step 4にあるように、
make_config-runmefirstをエディタで開き
options=ubuntu.cfgと修正する。

あとは、参考サイトの通り進める。

Fedora23へのOpenMPIのインストール

http://hi-a-tus.hatenablog.com/entry/2014/11/30/120452
を参考にした。
なお現時点でOpenMPIの最新バージョンは1.10.3なので
バージョンの数字は適宜変更。

Intel（インテル）のコンパイラの置き換え

makeする時などの
環境変数の置き換え

●Fortran
ifort⇒gfortran

●C
icc⇒gcc

●C++
icpc⇒g++