pgplot on Fedora29

yum install libXt-devel-1.1.5-9.fc29.x86_64

gfortranでpgplotをコンパイル

基本的にはここの過去の記事と同じ手順。

ただし/usr/local/src/pgplot/makemake /usr/local/src/pgplot linux gfortran_gcc
を実行してもmakefileが作成されないので、
/usr/local/src/pgplot/makemake /usr/local/src/pgplot linux g77_gcc
を実行して、作成されるmakefile中で
FCOMPL=gfortran
とする。

なおgfortranでコンパイルするのは、g77だと自作した
pgplot用のプログラムのコンパイルが通らないから。

Optunaのインストール

pip install optuna
とすると
TypeError: parse() got an unexpected 
keyword argument 'transport_encoding'
とエラーが出てしまった。

https://qiita.com/waku2011/items/4af412bf1d24eef309a9
を参考に
 C:\Users\Anaconda3\Lib\site-packages\で
$ git clone https://github.com/pfnet/optuna.git
$ cd optuna
$ python setup.py install を実行。 import optuna はうまくいった。

matplotlibのcontour.pyのエラー

raise ValueError("Contour levels must be increasing")
というエラーが出たので、ネットの記事を参考に
numpyとmatplotlibをアンインストールして、
pip install numpy==1.10.2
pip install matplotlib==1.5.0
を実行したところ、エラーが出なくなった。

tkinterを使いたいのに、pyenvだとエラーが出る

import _tkinter # If this fails your Python
may not be configured for Tk
ImportError: No module named '_tkinter'
というエラーが出てしまう。

先にtk-develをインストールしておく
必要があるとのこと。

pyenv uninstall *.*.*
で一旦アンインストールして

sudo dnf install tk-devel
（Fedoraの場合）
を実行してから再度

pyenv install *.*.*
でインストールすれば
エラーが消えました。

Fedoraにpyenvをインストール

http://note.east-eden.net/note/?p=170

$ sudo dnf install gcc gcc-c++ make git openssl-devel bzip2-devel zlib-devel readline-devel sqlite-devel libffi-devel

$ sudo git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /usr/bin/.pyenv
$ cd /usr/bin/.pyenv
$ sudo mkdir shims
$ sudo mkdir versions

########## 追記 ##########
/usr/bin/.pyenv
以下の所有者、グループの設定が
rootのため書き込みできなかった。
そのため、chown, chgrpで
自ユーザーに変更
#########################

$ vi ~/.bashrc
; 下記を追記
export PYENV_ROOT="/usr/bin/.pyenv" if [ -d "${PYENV_ROOT}" ]; then export PATH=${PYENV_ROOT}/bin:$PATH
eval "$(pyenv init -)"
fi ; ここまで
$ source ~/.bashrc

$ pyenv install --list
でインストール可能なpythonのバージョンを確認

pyenv install 2.7.16
（python2を使いたかったので）
pyenv install 3.7.1
（システムの元々のデフォルトバージョン）

$ pyenv global 2.7.16
（バージョン部分は適宜変更）

Windowsにtslearnをインストール

ネットで調べると
pip install tslearn
でインストールできる
という記述が出てくるが、
Visual C++が必要とのエラーが出る
（Visual Studio Communityをインストールすると
解決する）。

githubのtslearnのサイトを見ると一番最初に
conda install -c conda-forge tslearn
と書いてある。実際にこの方法でやれば
さきほどのエラーは出ない
（Anaconda promptを管理者で実行しなかったために
エラーは出たが。。。）

Fedora29へのOpenMPIのインストール

https://www.open-mpi.org/
へ行き、Downloadをクリック。
最新版（今日現在は、v4.0.0）のtar.gzをダウンロード。

解凍し、作成されたディレクトリに移動し

sudo ./configure --prefix=/usr/local/bin

sudo make

sudo make install

 
を実行。

Fedora29でgfortran、gccをインストール

http://www.rivhiro-weather.com/knowledge/?p=806

yum install gcc-gfortran libgfortran

 yum install gcc-c++

Fedora29でC/C++の開発環境をインストールする

https://www.hiroom2.com/2018/12/15/fedora-29-eclipse-cdt-ja/

sudo dnf install -y eclipse-cdt

Fedora24でVisIt

バージョン2.10.3であれば
https://wci.llnl.gov/simulation/computer-codes/visit/executables
からexecutableのファイル（tar.gz）をダウンロードして
解凍して、bin/visitを実行すれば起動する。

ただし、
libpng12.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
というエラーが出る場合は
sudo yum install libpng12
を実行する。

フリーの最適化ソフト DAKOTAをFedora24にインストール

cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/dakota /home/.../dakota-6.7.0.src
という感じでインストールを試したところ

CMake Error at CMakeLists.txt:245 (enable_language):
  No CMAKE_CXX_COMPILER could be found.

  Tell CMake where to find the compiler by setting either the environment
  variable "CXX" or the CMake cache entry CMAKE_CXX_COMPILER to the full path
  to the compiler, or to the compiler name if it is in the PATH.

というエラーが出てうまくいきません。

そこで

sudo yum install gcc-c++

を実行して

cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/dakota /home/.../dakota-6.7.0.src -CMAKE_CXX_COMPILER=/usr/bin/g++

を試してみると、今度は

CMake Error at CMakeLists.txt:315 (find_package):
  Could not find a package configuration file provided by "LAPACK" with any
  of the following names:

    LAPACKConfig.cmake
    lapack-config.cmake

  Add the installation prefix of "LAPACK" to CMAKE_PREFIX_PATH or set
  "LAPACK_DIR" to a directory containing one of the above files.  If "LAPACK"
  provides a separate development package or SDK, be sure it has been
  installed.

というエラーが出てしまいます。そこでliblapack.so.3gf（シンボリックリンク）があるのが/usr/lib

なので

cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/dakota /home/.../dakota-6.7.0.src -CMAKE_CXX_COMPILER=/usr/bin/g++ -CMAKE_LAPACK_DIR=/usr/lib

を試してみると、だいぶ進みますが

CMake Error at packages/external/teuchos/cmake/tribits/modules/FindPythonInterp.cmake:119 (IF):
  if given arguments:

    "VERSION_LESS" "2.4"

  Unknown arguments specified

というエラーが出ます。

https://software.sandia.gov/trac/dakota/attachment/ticket/4336/patch.patch

を参考に

dakota-6.7.0.src/ackages/external/teuchos/cmake/tribits/modules/FindPythonInterp.cmake

を修正します。

今度は

CMake Error at packages/external/teuchos/cmake/tribits/package_arch/TribitsTplDeclareLibraries.cmake:342 (MESSAGE):
  Could not find the BLAS Library! Please manually set BLAS_LIBRARY_DIRS
  and/or BLAS_LIBRARY_NAMES or just TPL_BLAS_LIBRARIES to point to the BLAS
  libraries!

というエラーが出ます。

そこで~/.bashrcに
export BLAS_LIBS=/usr/lib
export LAPACK_LIBS=/usr/lib
と記述して
cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/dakota /home/hiromitsu/Simulation/dakota-6.7.0.src -CMAKE_CXX_COMPILER=/usr/bin/g++ -CMAKE_LAPACK_DIR=/usr/lib/ -DBLAS_LIBS=/usr/lib/libblas.so.3gf.0 -DLAPACK_LIBS=/usr/lib/liblapack.so.3gf.0
と実行すると、さらに進みますが

CMake Error at packages/external/acro/packages/colin/CMakeLists.txt:11 (message):
   Cannot build colin without Boost.  Please enable USE_BOOST and set Boost_INCLUDE_DIR

CMake Error: The following variables are used in this project, but they are set to NOTFOUND.
Please set them or make sure they are set and tested correctly in the CMake files:
Boost_INCLUDE_DIR (ADVANCED)
というエラーが出ます。

今日はここまで。。。

フリーの最適化ソフト DAKOTAをFedora24にインストール（事前準備）

http://mogura7.zenno.info/~et/wordpress/ocse/?p=871#more-871
を参考に、事前準備を実施。

Boostは上記サイトにあるようにインストールできるが、
BLAS, LAPACKは
動的ライブラリ（*.so）が必要とのこと。

そこで
https://qiita.com/AnchorBlues/items/69c1744de818b5e045ab
にある手順をベースにしつつも
make.incのgfortranでのコンパイルオプションに
-fPICを追加してコンパイル。

コンパイル後、
BLAS/SRC/で
gfortran -shared -lpthread -lgomp -o libblas.so *.o
sudo ln -s /home/.../lapack-3.8.0/BLAS/SRC/libblas.so /usr/lib/libblas.so.3gf.0

SRC/で
gfortran -shared -lpthread -lgomp -o liblapack.so *.o
sudo ln -s  /home/.../lapack-3.8.0/SRC/liblapack.so /usr/lib/liblapack.so.3gf
を実行
（https://qiita.com/_akisato/items/d5de60e38b5a69387bde
を参考にしてみた）。

ただし、まだ正しく*.soが作成できたかは不明。
これからDAKOTAのインストールを試してみる。

Fedora24用 gfortran rpmファイル

事情により再びFedoraで数値計算をする必要が出たが、
gfortranがyumでインストールできないため
下記サイトからrpmファイルをダウンロードして
インストール。

su
（パスワード入力）
rpm -ivh gcc-gfortran-6.3.1-1.fc24.x86_64.rpm
でインストール

http://rpm.pbone.net/index.php3/stat/4/idpl/39452465/dir/fedora_24/com/gcc-gfortran-6.3.1-1.fc24.x86_64.rpm.html

なんで最新版のFedoraではないかというと、既にインストール済で
その環境をそのまま使いたかったから。

Athena++で並列計算

OpenMPIをインストールした後で
atheta++に関するconfigure実行時に、-mオプションを追加。

make実行時に
mpicxx: error while loading shared libraries: libopen-pal.so.20: cannot open shared object file: No such file or directory
といったエラーが出る場合は、
sudo ldconfig
を実行する。

ただし、現状では

src/outputs/athena_hdf5.cpp

のコンパイルでエラーが出てしまう。

Ubuntu 16.04でVisit+Athena++環境構築（その2）

./athena: error while loading shared libraries: libhdf5.so.101: cannot open shared object file: No such file or directory

というエラーが実行時に出た場合は、

~/.bashrcに

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/hdf5/lib:$LD_LIBRARY_PATH

を追記して、

source ~/.bashrc

を実行してから再度athenaを実行する。

Ubuntu 16.04でVisit+Athena++環境構築（その1）

1. まずはgitをインストール
sudo apt-get install git

2. Athena++をダウンロード
git clone https://github.com/PrincetonUniversity/athena-public-version

3. hdf5ライブラリをインストール
https://www.hdfgroup.org/downloads/hdf5/source-code/
からtar.gzをダウンロード

tar.gzを解凍。

解凍されたディレクトリに移動。

./configure --prefix=/usr/local/hdf5 --enable-fortran --enable-cxx
make -j8
make -j8 check
sudo make install
sudo make check-install

pgplotインストール時のコンパイラ

g77だと
"リンクが完了しなかったのでリンカの入力ファイルは使われませんでした"
というメッセージがたくさん出てしまう。
なのでgfortranに変更する。

LORENEはlibcpgplot.aも使用するので
make cpg
も実行する。

Fedora 24にGSLをインストール

rootで
yum install gsl
を実行。

しかし、libgsl.aが作成されないので、
https://na-inet.jp/na/gsl.html
を参考に、
http://www.ring.gr.jp/pub/GNU/gsl/
から gsl-2.1.tar.gzをダウンロードし、
% ./configure --prefix=/usr/local; make; su
# make install
を実行。

インストールが成功すると
/usr/local/lib/libgsl.a
ができる。

Fedora 23でLORENEコードをインストール

64bit環境なので、まずは
Lorene/Local_settings_examples/local_settings_linux_gcc-4_x86-64
を
Lorene/local_settings
にコピー。

https://github.com/FFTW/fftw3
からzipファイルをダウンロード。
unzipで解凍して、
fftw3-master/api/fftw3.h
を
/usr/include/
にコピーする。

mkdir /user/include/gsl
を実行したのち、
https://github.com/ampl/gsl
からzipファイルをダウンロード。
unzipで解凍して、
gsl-master/
もしくは
gsl-master/specfunc/
にある
gsl_inline.h
gsl_precision.h
gsl_sf_result.h
gsl_mode.h
gsl_sf_bessel.h
gsl_types.h
を
/usr/include/gsl/
にコピーする。

最後に
Lorene/
でmakeを実行する。