White-eye Bright

金曜日, 2月 24, 2017

pgplotインストール時のコンパイラ

g77だと
"リンクが完了しなかったのでリンカの入力ファイルは使われませんでした"
というメッセージがたくさん出てしまう。
なのでgfortranに変更する。

LORENEはlibcpgplot.aも使用するので
make cpg
も実行する。

月曜日, 2月 20, 2017

rootで
yum install gsl
を実行。

しかし、libgsl.aが作成されないので、
https://na-inet.jp/na/gsl.html
を参考に、
http://www.ring.gr.jp/pub/GNU/gsl/
から gsl-2.1.tar.gzをダウンロードし、
% ./configure --prefix=/usr/local; make; su
# make install
を実行。

インストールが成功すると
/usr/local/lib/libgsl.a
ができる。

金曜日, 12月 30, 2016

Fedora 23でLORENEコードをインストール

64bit環境なので、まずは
Lorene/Local_settings_examples/local_settings_linux_gcc-4_x86-64
を
Lorene/local_settings
にコピー。

https://github.com/FFTW/fftw3
からzipファイルをダウンロード。
unzipで解凍して、
fftw3-master/api/fftw3.h
を
/usr/include/
にコピーする。

mkdir /user/include/gsl
を実行したのち、
https://github.com/ampl/gsl
からzipファイルをダウンロード。
unzipで解凍して、
gsl-master/
もしくは
gsl-master/specfunc/
にある
gsl_inline.h
gsl_precision.h
gsl_sf_result.h
gsl_mode.h
gsl_sf_bessel.h
gsl_types.h
を
/usr/include/gsl/
にコピーする。

最後に
Lorene/
でmakeを実行する。

月曜日, 12月 26, 2016

gccのバージョンの確認方法

gcc -dumpversion

日曜日, 11月 06, 2016

dviファイルからpdfファイルに変換

dvips
でpsファイルに変換。

ps2pdf
でpdfファイルに変換。

Ubuntu14.04のpdfビューア

http://sicklylife.hatenablog.com/entry/2014/10/04/204523

evince

Ubuntu 14.04にlatexをインストール

http://qiita.com/ynakayama/items/706ae9e59c1b6fd3e3d2
を参考にインストール。

sudo apt-get -y install texlive # 本体
sudo apt-get -y install texlive-lang-cjk # 日本語版 (UTF8 対応)
sudo apt-get -y install xdvik-ja # プレビューを見るのに必要
sudo apt-get -y install dvipsk-ja # DVI から PostScript への変換用
sudo apt-get -y install gv #  Ghostscript 、 ps 形式の図を取り込んだ文書の作成用
sudo apt-get -y install texlive-fonts-recommended texlive-fonts-extra # TeX 用フォント

を実行。

土曜日, 9月 03, 2016

Ubuntu16.04にTensorFlowをインストール

深層学習が流行りということで、
とりあえずライブラリ（TensorFlow）をインストールしてみる。

OSはUbuntu 16.04。

まずはAnaconda（Pythonのパッケージとのこと）をインストール。
http://pythondatascience.plavox.info/python%e3%81%ae%e3%82%a4%e3%83%b3%e3%82%b9%e3%83%88%e3%83%bc%e3%83%ab/anaconda-ubuntu-linux/

conda -V
を実行する前に
source ~/.bashrc
を実行すること。
もしくは新しいterminalを立ち上げてから実行する。

TensorFlow自体のインストールは下記サイトを参考に実行。
http://pythondatascience.plavox.info/tensorflow%E3%81%A7%E3%83%87%E3%82%A3%E3%83%BC%E3%83%97%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%83%8B%E3%83%B3%E3%82%B0/ubuntu-linux%E3%81%AB%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB/

木曜日, 8月 18, 2016

IllinoisGRMHDインストール方法　備忘録追記

●事前の準備
・gitのインストール
yum （もしくはapt-get） install git

・subversionのインストール
yum （もしくはapt-get） install subversion

・Einstein Toolkitのインストール

curl -kLO https://raw.githubusercontent.com/gridaphobe/CRL/ET_2016_05/GetComponents
chmod a+x GetComponents
./GetComponents --parallel https://bitbucket.org/einsteintoolkit/manifest/raw/ET_2016_05/einsteintoolkit.th

・OpenMPIのインストール

http://hi-a-tus.hatenablog.com/entry/2014/11/30/120452

を参考にする。

日曜日, 7月 31, 2016

gfortranでのライブラリのパスのあて方

http://myfuturesightforpast.blogspot.jp/2014/12/gfortran-has-no-include-and-library.html
にあるように、LD_LIBRARY_PATHの変数に登録しても、
パスは通らない。

-L/home/...といった感じでコンパイル時のオプションで指定するか、
/usr/local/libにコピーする必要がある。

Ubuntsu 14.04でLAPACKを使う

まず、準備としてコンパイラをインストール。

sudo apt-get install gcc g++ gfortran

を実行。

実際のLAPACKのインストールは

http://qiita.com/AnchorBlues/items/69c1744de818b5e045ab

にある通りに実行する。

金曜日, 6月 17, 2016

IllinoisGRMHDインストール方法　備忘録

Fedoraにインストールするための備忘録。

http://math.wvu.edu/~zetienne/ILGRMHD/getstarted.html
を参考にすれば、基本的にはOK。

Step 4 の前に
cp simfactory/mdb/optionlists/ubuntu.cfg .
を実行する。

ubuntu.cfgをエディタで開き、MPI_DIR = 以降にOpenMPIを
インストールしたディレクトリを指定。
http://hi-a-tus.hatenablog.com/entry/2014/11/30/120452
を参考にインストールした今回は、
/usr/local/openmpi-1.10.3_gcc-5.3.1/
を指定。

Step 4にあるように、
make_config-runmefirstをエディタで開き
options=ubuntu.cfgと修正する。

あとは、参考サイトの通り進める。

木曜日, 6月 16, 2016

Fedora23へのOpenMPIのインストール

http://hi-a-tus.hatenablog.com/entry/2014/11/30/120452
を参考にした。
なお現時点でOpenMPIの最新バージョンは1.10.3なので
バージョンの数字は適宜変更。

土曜日, 6月 04, 2016

Intel（インテル）のコンパイラの置き換え

makeする時などの
環境変数の置き換え

●Fortran
ifort⇒gfortran

●C
icc⇒gcc

●C++
icpc⇒g++

日曜日, 2月 01, 2015

Fedora20でのキーマップの変更

画面右上にen▼（英語キーボードが選択されている場合）
のように表示されているところがある。
そこをクリックすると、キーマップを選択できる。

私の場合は、そこに"英語（US"）と"日本語（かな漢字）"
しかなく、通常の日本語キーボードのキーマップが
選択できなかった。

そこで、デスクトップの背景画面上で右クリック
⇒"設定"をクリック
⇒"キーボード"をクリック
⇒画面左下の"入力ソース"をクリック
⇒画面左下の"＋"をクリック
⇒"日本語"をクリック
⇒"日本語"をハイライトして"追加"をクリック

この作業により、"日本語"のキーマップを選択できるようになった。

なお、ネットで調べたところjp106.kmap.gzが
日本語のキーマップが定義されているファイルとのこと。
/lib/kbd/keymaps/xkb/にはなく、
/lib/kbd/keymaps/legacy/i386/qwerty/にあったため、
/lib/kbd/keymaps/xkb/にコピーしておいた。
このコピー作業は不要かもしれない。

日曜日, 1月 25, 2015

Fedora20でGDLをインストール

yum install gdl-0.9.5-1.fc20.x86_64
を実行（yum provides gdl*を実行して、それっぽいものを検索）。

インストール完了後、
gdl
と起動を試みるも、libnetcdf.so.7が開けない
と怒られたため、 yum install libnetcdf.so.7
を実行。そうした後もgdlを実行すると
先ほどと同様のエラーが出る。
libnetcdf.so.7にパスが通っていないためである。
/lib64/openmpi/lib/libnetcdf.so.7があったので、
~/.bashrcのLD_LIBRARY_PATHに/lib64/openmpi/libを
追加してからgdlを実行したところ、起動できた。

土曜日, 12月 13, 2014

Fedora20でのPGPLOTのインストール

基本的にはここの過去の記事を参考にインストール。

異なるところは、

yum install *g77*
でg77をインストールして、
yum install libXt-devel-1.1.4-7.fc20.x86_64
でX.org X11 libXt development packageをインストール。

以下、手順を簡潔に記載。
1. drivers.listを編集（GIF, NULL, PS, CPS, XWINDOW, XSERVEを有効にしてみた）。
2. /usr/local/pgplotで
/usr/local/src/pgplot/makemake /usr/local/src/pgplot linux g77_gcc
を実行。
3. Makefileを編集。
/usr/X11R6/include→/usr/include
/usr/X11R6/lib→/usr/lib64
4. makeを実行。

これでコンパイルは成功した。

日曜日, 11月 02, 2014

ZipファイルをLinuxで解凍

unzip filename

http://uguisu.skr.jp/Windows/tar.html
が参考になりそう。

木曜日, 10月 30, 2014

Error

Making all in mca/osc/sm
make[2]: ディレクトリ `/root/openmpi-1.8.3/ompi/mca/osc/sm' に入ります
CC osc_sm_component.lo
osc_sm_component.c: In function 'component_select':
osc_sm_component.c:313:11: error: 'ompi_osc_sm_module_t' has no member named 'my_sense'
module->my_sense = 1;
^
osc_sm_component.c:339:63: error: 'ompi_osc_sm_global_state_t' has no member named 'mtx'
ret = pthread_mutex_init(&module->global_state->mtx, &mattr);
^
osc_sm_component.c:345:66: error: 'ompi_osc_sm_global_state_t' has no member named 'cond'
ret = pthread_cond_init(&module->global_state->cond, &cattr);
^
osc_sm_component.c:351:33: error: 'ompi_osc_sm_global_state_t' has no member named 'sense'
module->global_state->sense = module->my_sense;
^
osc_sm_component.c:351:49: error: 'ompi_osc_sm_module_t' has no member named 'my_sense'
module->global_state->sense = module->my_sense;
^
osc_sm_component.c:352:33: error: 'ompi_osc_sm_global_state_t' has no member named 'count'
module->global_state->count = ompi_comm_size(module->comm);
^
make[2]: *** [osc_sm_component.lo] エラー 1
make[2]: ディレクトリ `/root/openmpi-1.8.3/ompi/mca/osc/sm' から出ます
make[1]: *** [all-recursive] エラー 1
make[1]: ディレクトリ `/root/openmpi-1.8.3/ompi' から出ます
make: *** [all-recursive] エラー 1

openmpiインストール時のmake allでエラー（備忘録）

/root/openmpi-1.8.3/
でmake allをしたらエラーが出る。
後日、対策を調査。今日は寝る。

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