Fedora20でGDLをインストール

yum install gdl-0.9.5-1.fc20.x86_64
を実行（yum provides gdl*を実行して、 それっぽいものを検索）。

インストール完了後、
gdl
と起動を試みるも、libnetcdf.so.7が開けない
と怒られたため、 yum install libnetcdf.so.7
を実行。そうした後もgdlを実行すると
先ほどと同様のエラーが出る。
libnetcdf.so.7にパスが通っていないためである。
/lib64/openmpi/lib/libnetcdf.so.7があったので、
~/.bashrcのLD_LIBRARY_PATHに/lib64/openmpi/libを
追加してからgdlを実行したところ、起動できた。

Fedora20でのPGPLOTのインストール

基本的にはここの過去の記事を参考にインストール。

異なるところは、

yum install *g77*
でg77をインストールして、
yum install libXt-devel-1.1.4-7.fc20.x86_64
でX.org X11 libXt development packageをインストール。

以下、手順を簡潔に記載。
1. drivers.listを編集（GIF, NULL, PS, CPS, XWINDOW, XSERVEを有効にしてみた）。
2. /usr/local/pgplotで
/usr/local/src/pgplot/makemake /usr/local/src/pgplot linux g77_gcc
を実行。
3. Makefileを編集。
/usr/X11R6/include→/usr/include
/usr/X11R6/lib→/usr/lib64
4. makeを実行。

これでコンパイルは成功した。

ZipファイルをLinuxで解凍

unzip filename

http://uguisu.skr.jp/Windows/tar.html
が参考になりそう。

Error

Making all in mca/osc/sm
make[2]: ディレクトリ `/root/openmpi-1.8.3/ompi/mca/osc/sm' に入ります
CC osc_sm_component.lo
osc_sm_component.c: In function 'component_select':
osc_sm_component.c:313:11: error: 'ompi_osc_sm_module_t' has no member named 'my_sense'
module->my_sense = 1;
^
osc_sm_component.c:339:63: error: 'ompi_osc_sm_global_state_t' has no member named 'mtx'
ret = pthread_mutex_init(&module->global_state->mtx, &mattr);
^
osc_sm_component.c:345:66: error: 'ompi_osc_sm_global_state_t' has no member named 'cond'
ret = pthread_cond_init(&module->global_state->cond, &cattr);
^
osc_sm_component.c:351:33: error: 'ompi_osc_sm_global_state_t' has no member named 'sense'
module->global_state->sense = module->my_sense;
^
osc_sm_component.c:351:49: error: 'ompi_osc_sm_module_t' has no member named 'my_sense'
module->global_state->sense = module->my_sense;
^
osc_sm_component.c:352:33: error: 'ompi_osc_sm_global_state_t' has no member named 'count'
module->global_state->count = ompi_comm_size(module->comm);
^
make[2]: *** [osc_sm_component.lo] エラー 1
make[2]: ディレクトリ `/root/openmpi-1.8.3/ompi/mca/osc/sm' から出ます
make[1]: *** [all-recursive] エラー 1
make[1]: ディレクトリ `/root/openmpi-1.8.3/ompi' から出ます
make: *** [all-recursive] エラー 1

openmpiインストール時のmake allでエラー（備忘録）

/root/openmpi-1.8.3/
でmake allをしたらエラーが出る。
後日、対策を調査。今日は寝る。

gfortran, gccインストール

昨日投稿したrpmでのインストールは、
依存性の問題が出てインストールできず。

yum install gcc-gfortran
を実行したらインストールできた。

Fedora20でgfortranをインストール

実家でFedora20をインストールした時は
gfortranがインストールされていたけど、
家のPCにインストールしたら入っていなかったので
手動でインストール。

https://ask.fedoraproject.org/en/question/38123/gfortran-in-fedora-20/
に記述されている
http://mirror.i3d.net/pub/fedora/linux/releases/20/Everything/x86_64/os/Packages/g/gcc-gfortran-4.8.2-1.fc20.x86_64.rpm
をダウンロード。

http://www.atmarkit.co.jp/flinux/rensai/linuxtips/049instrpm.html
に記述されているように
rpm -ivh gcc-gfortran-4.8.2-1.fc20.x86_64.rpm
を実行。

libquadmath-devel = 4.8.2-1.fc20 は gcc-gfortran-4.8.2-1.fc20.x86_64 に必要とされています。
というメッセージが出てインストールが進まない場合は、
https://ask.fedoraproject.org/en/question/39398/package-dependency-error/
に記述されているように
yum install libquadmath-devel libquadmath libgomp libgfortran gcc libstdc++ cpp
yum update
を実行。

Fedora20インストールと初期設定、OpenMPIインストール

Fedora20のインストールと初期設定、OpenMPIのインストールで 苦戦した事に関する忘備録（ただし、OpenMPIのインストールは完了していない）。

・Fedora20のインストールと初期設定
インストール途中で設定したroot、ユーザーのパスワードを打っても
ログイン出来ない、画面ロックを解除できない
という事態が発生。パスワードを長くし過ぎて大文字小文字を間違えて
打っていた可能性も否定できないが。。。
応急処置として、画面ロックされないように、
すべての設定（画面右上の電源マークをクリック、下段一番左下のアイコンをクリック）
の電源のブランクスクリーンをOff、自動サスペンドもOffに設定。
プライバシーの画面ロックもOffに設定。
時計がずれていたら、画面中央の時間が表示されている部分をクリック、
カレンダーの下にある3つの選択肢の一番下（日本語だと、日時の設定）
をクリック。ロック解除をクリックして、rootパスワードを入力。
タイムゾーンをJST（東京、日本）に変更。

デフォルトだとログオフが表示されていないので、
terminalを開いて、
gsettings set org.gnome.shell always-show-log-out true
を実行。参考にしたサイトは、
http://chocolapod.sakura.ne.jp/blog/entry/69

・OpenMPIのインストール
http://www.open-mpi.org/
に行って、画面左側のOpen MPI Software/Downloadをクリックして、
最新版の*tar.gz（現時点でopenmpi-1.8.3.tar.gz）をダウンロード。

http://d.hatena.ne.jp/cmphys/20120628/1340900709
に書かれた手順でインストールを試行中。
http://webkaru.net/clang/intel-compiler-install/
にリンクのある
https://software.intel.com/en-us/non-commercial-software-development
からLinux用フリーのIntelコンパイラーをダウンロードしようとするも、
"under revision"ということで、ダウンロードできず。。。

なので、.configureで指定するコンパイラーは、gcc, gfortranで代用。
configure: error: C++ preprocessor "/lib/cpp" fails sanity check
とエラーメッセージが出力されたら、
yum install gcc-c++
を実行（c++のコンパイラーはデフォルトではインストールされていない模様）。

make allの途中でエラー発生。対処方法を探すのはまた今度（いつになるか不明）。

インクルードファイルの読み込み先を指定

Fortranのコンパイル時に、 インクルードファイル（今回は.hファイル）の 読み込み先（パス）を指定するには、 -I/home/username/.... のように、"-I"オプションをつける。

openMPIをインストール

並列化されているプログラムを実行したいんで、 MPICH2、openMPIのインストールを試みた。 ●MPICH2 yum provides *mpich* としても、それっぽいパッケージはヒットせず。 どうもソースコードをダウンロードして コンパイルしないとインストール出来ないみたい。 http://www.mpich.org/ のSource Codeと表記されているところからダウンロード出来る。 ●openMPI yum provides *openmpi* とすると、それっぽいパッケージが幾つかヒット。 yum install *openmpi* としたところ、インストール出来たっぽい。 mpif90で自分のソースコードをコンパイルしてみたけど、 そんなコンパイルオプションはないと怒られた （ifortでコンパイルする前提のMakefileを流用したから）。 並列化とは関係ない部分はgfortranを使っているのか分からないが、 エラーメッセージとしてgfortranでコンパイルした時と同じ エラーメッセージが表示された。

WideStudioの起動

WideStudioを起動しようと思ったら、

wsbuilder: error while loading shared libraries:
libws.so.3.98: cannot open shared object file:
No such file or directory

というメッセージが出て起動できず。

rootになって/etc/ld.so.confに

/usr/local/ws/lib/

を追加するもうまくいかず。

~/.bashrcで

LD_LIBRARY_PATH=path1:/usr/local/ws/lib
（path1はライブラリファイルがある他のパス）
export LD_LIBRARY_PATH

としたら起動できた。

WideStudio v3.98-7 インストール2

EXTERN.h, perl.hのインストール後もエラーが出る。

make cleanしてmakeしなおすと大量のメッセージが出て、

エラーメッセージを見逃すので、

make cleanせずにもう一度make。

ws-v3.98-7/src/x11/WSDxdraw.cppのコンパイル時に、

X11/Xft/Xft.hというファイルがないというエラー。

XSxcom.cppにインクルード文があるが、

そこに絶対パス（Fedora16では、/usr/include/X11/Xft/Xft.h）を指定してみた。

すると今度は（ws-v3.98-7/src/x11/で）リンクがうまく行っていない模様

（cannot find -lXext）。


次に試したのは、

ws-v3.98-7/sys/config/mkflags

で以下の置換をしたうえでmake。

/usr/X11R6/include→/usr/include
/usr/X11R6/lib→/usr/lib64

コンパイル時の-Lオプションは変わったが、エラーはまだ出る。

libXext.soがないというのが理由。

libXext.so.6があったので、

ln -s libXext.so.6 libXext.so

として試したら、コンパイルが成功。

rootになって、make installを実行して、インストールは終了。

WideStudio v3.98-7 インストール1

Fedora16へのインストール作業を実施。

configureの実行ではエラーが出なかったが、

makeで以前（http://bright98.blogspot.com/search?q=Extern.h）と

同様にエラーが出た。

今回はEXTERN.h、perl.hが存在していなかったので、

yum install perl-devel-5.14.2-191.fc16.x86_64

を実行。/usr/lib64/perl5/CORE/に

目的のヘッダファイルがインストールされた。

PGPLOTでの可視化は成功

http://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/linux/?PGPLOT
にあるように、以下の設定をすれば可視化はうまくいった
（以下はbashでの設定方法）。

export PGPLOT_DIR=/usr/local/pgplot/
export PGPLOT_DEV=/xserv
export PGPLOT_FOREGROUND=black
export PGPLOT_BACKGROUND=white
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/pgplot

コンパイル時の動的リンクライブラリに関するエラーの対処

昔作ったpgplotのソースファイルをコンパイルしようとしたところ、

ld: warning: libintlc.so.5, needed by /opt/intel/lib/intel64//libsvml.so, not found

ld: ./a.out: hidden symbol '__intel_cpu_indicator_init' in /opt/intel/lib/intel64//libirc.a(cpu_disp.o) is referenced by DSO

というエラーが出てしまった。ちなみに、libsvml.so, libintlc.so.5ともに

/opt/intel/lib/intel64にあった。

そこで/etc/ld.so.confに

/opt/intel/lib/intel64/

/usr/local/pgplot/

を追加（後者は多分今回のエラーには関係ないと思う）。

コンパイルは成功した。

Xlib.hインストール＆PGPLOTのコンパイル

Xlib.hのインストールは、

yum install libXt-devel-1.1.1-1.fc16

とすることでできた。

実家のPCにFedora9の環境があったので、

そちらからコピーすることも考えていたが、やらずに済んだ。

PGPLOTのインストールは途中でエラー終了。

makefile中のLIBS=...'$(SRC)/cpg/libgcc_path.sh'...

に関してのエラー。libgcc_path.shは

/usr/local/src/pgplot/cpg/libgcc_path.shにある

（どこで解凍したかに依存）。

絶対パス指定で実行すると、ライブラリがあるパスが幾つか表示された。

'$(SRC)/cpg/libgcc_path.sh'の部分を、表示されたパスの一つ

-L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.6.2

で置き換えたところコンパイルは進んだが、やはりエラー終了。

libpgplot.soはできていたが。。。

xserverができていないので、

http://bright98.blogspot.com/2007/05/pgplotxserver.html

と同様に、コマンドライン入力でコンパイルしたらできた。

これで可視化できるかは、まだテストしていないので不明。

Fedora16でのPGPLOT インストール

http://bright98.blogspot.com/2009/02/pgplot.html

と同様に、drivers.listを編集。

http://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/linux/?PGPLOT

にあるように、/usr/local/pgplotで

/usr/local/src/pgplot/makemake /usr/local/src/pgplot linux g77_gcc

を実行。makefileができます。Intel Fortran Compilerでコンパイルしたいので

FCOMPL=ifort
FFLAGD=-nbs
LIBS=-Vaxlib -L/usr/lib64 -lX11 '$(SRC)/cpg/libgcc_path.sh' -lgcc -lm -lc -lbsd
と設定し、また以下の置換も実施（GPSのインストールノートも参照）。

/usr/X11R6/include→/usr/include
/usr/X11R6/lib→/usr/lib64

この状態でmakeを実行したが、X11/Xlib.hがないというメッセージが出てしまう。
yum install xorg*X11*
を実行すると幾つかヘッダーファイル（.h）がインストールされたが、
Xlib.hはない。

ifortにPATHをとおす

~/.bashrcで、aliasコマンドを使って

alias ifort='/opt/intel/bin/ifort'

としてPATHを通したつもりだったのですが、

makeしても

/bin/sh: 行 ?: ifort: コマンドが見つかりません

というエラーが出て、コンパイルできず。

~/.bashrcに

PATH="$PATH":/opt/intel/bin

を追加してやったところ、コンパイルできました。

Intel Fortran Compilerインストール 備忘録2

インストールが、

g++がインストールされていない

ために先に進まなくなったため、

http://y-okamoto-psy1949.la.coocan.jp/CppBldr/ck_time/

を参考にして、

yum groupinstall “Development Tools”

を実行。

ちなみに、Fedora16はまだサポートされていないようで、

途中でインストールが止まる（続行可能）。

Intel Fortran Compilerインストール 備忘録1

Intel Fortran Compilerをインストールした時のメモ。

まずインストール前に

/etc/sysconfig/selinux中で、

SELINUX=enforcing

という記述を

SELINUX=disabled

もしくは

SELINUX=permissive

に変更する必要がある。