インクルードファイルの読み込み先を指定

Fortranのコンパイル時に、 インクルードファイル（今回は.hファイル）の 読み込み先（パス）を指定するには、 -I/home/username/.... のように、"-I"オプションをつける。

openMPIをインストール

並列化されているプログラムを実行したいんで、 MPICH2、openMPIのインストールを試みた。 ●MPICH2 yum provides *mpich* としても、それっぽいパッケージはヒットせず。 どうもソースコードをダウンロードして コンパイルしないとインストール出来ないみたい。 http://www.mpich.org/ のSource Codeと表記されているところからダウンロード出来る。 ●openMPI yum provides *openmpi* とすると、それっぽいパッケージが幾つかヒット。 yum install *openmpi* としたところ、インストール出来たっぽい。 mpif90で自分のソースコードをコンパイルしてみたけど、 そんなコンパイルオプションはないと怒られた （ifortでコンパイルする前提のMakefileを流用したから）。 並列化とは関係ない部分はgfortranを使っているのか分からないが、 エラーメッセージとしてgfortranでコンパイルした時と同じ エラーメッセージが表示された。

WideStudioの起動

WideStudioを起動しようと思ったら、

wsbuilder: error while loading shared libraries:
libws.so.3.98: cannot open shared object file:
No such file or directory

というメッセージが出て起動できず。

rootになって/etc/ld.so.confに

/usr/local/ws/lib/

を追加するもうまくいかず。

~/.bashrcで

LD_LIBRARY_PATH=path1:/usr/local/ws/lib
（path1はライブラリファイルがある他のパス）
export LD_LIBRARY_PATH

としたら起動できた。

WideStudio v3.98-7 インストール2

EXTERN.h, perl.hのインストール後もエラーが出る。

make cleanしてmakeしなおすと大量のメッセージが出て、

エラーメッセージを見逃すので、

make cleanせずにもう一度make。

ws-v3.98-7/src/x11/WSDxdraw.cppのコンパイル時に、

X11/Xft/Xft.hというファイルがないというエラー。

XSxcom.cppにインクルード文があるが、

そこに絶対パス（Fedora16では、/usr/include/X11/Xft/Xft.h）を指定してみた。

すると今度は（ws-v3.98-7/src/x11/で）リンクがうまく行っていない模様

（cannot find -lXext）。


次に試したのは、

ws-v3.98-7/sys/config/mkflags

で以下の置換をしたうえでmake。

/usr/X11R6/include→/usr/include
/usr/X11R6/lib→/usr/lib64

コンパイル時の-Lオプションは変わったが、エラーはまだ出る。

libXext.soがないというのが理由。

libXext.so.6があったので、

ln -s libXext.so.6 libXext.so

として試したら、コンパイルが成功。

rootになって、make installを実行して、インストールは終了。

WideStudio v3.98-7 インストール1

Fedora16へのインストール作業を実施。

configureの実行ではエラーが出なかったが、

makeで以前（http://bright98.blogspot.com/search?q=Extern.h）と

同様にエラーが出た。

今回はEXTERN.h、perl.hが存在していなかったので、

yum install perl-devel-5.14.2-191.fc16.x86_64

を実行。/usr/lib64/perl5/CORE/に

目的のヘッダファイルがインストールされた。

PGPLOTでの可視化は成功

http://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/linux/?PGPLOT
にあるように、以下の設定をすれば可視化はうまくいった
（以下はbashでの設定方法）。

export PGPLOT_DIR=/usr/local/pgplot/
export PGPLOT_DEV=/xserv
export PGPLOT_FOREGROUND=black
export PGPLOT_BACKGROUND=white
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/pgplot

コンパイル時の動的リンクライブラリに関するエラーの対処

昔作ったpgplotのソースファイルをコンパイルしようとしたところ、

ld: warning: libintlc.so.5, needed by /opt/intel/lib/intel64//libsvml.so, not found

ld: ./a.out: hidden symbol '__intel_cpu_indicator_init' in /opt/intel/lib/intel64//libirc.a(cpu_disp.o) is referenced by DSO

というエラーが出てしまった。ちなみに、libsvml.so, libintlc.so.5ともに

/opt/intel/lib/intel64にあった。

そこで/etc/ld.so.confに

/opt/intel/lib/intel64/

/usr/local/pgplot/

を追加（後者は多分今回のエラーには関係ないと思う）。

コンパイルは成功した。

Xlib.hインストール＆PGPLOTのコンパイル

Xlib.hのインストールは、

yum install libXt-devel-1.1.1-1.fc16

とすることでできた。

実家のPCにFedora9の環境があったので、

そちらからコピーすることも考えていたが、やらずに済んだ。

PGPLOTのインストールは途中でエラー終了。

makefile中のLIBS=...'$(SRC)/cpg/libgcc_path.sh'...

に関してのエラー。libgcc_path.shは

/usr/local/src/pgplot/cpg/libgcc_path.shにある

（どこで解凍したかに依存）。

絶対パス指定で実行すると、ライブラリがあるパスが幾つか表示された。

'$(SRC)/cpg/libgcc_path.sh'の部分を、表示されたパスの一つ

-L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.6.2

で置き換えたところコンパイルは進んだが、やはりエラー終了。

libpgplot.soはできていたが。。。

xserverができていないので、

http://bright98.blogspot.com/2007/05/pgplotxserver.html

と同様に、コマンドライン入力でコンパイルしたらできた。

これで可視化できるかは、まだテストしていないので不明。

Fedora16でのPGPLOT インストール

http://bright98.blogspot.com/2009/02/pgplot.html

と同様に、drivers.listを編集。

http://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/linux/?PGPLOT

にあるように、/usr/local/pgplotで

/usr/local/src/pgplot/makemake /usr/local/src/pgplot linux g77_gcc

を実行。makefileができます。Intel Fortran Compilerでコンパイルしたいので

FCOMPL=ifort
FFLAGD=-nbs
LIBS=-Vaxlib -L/usr/lib64 -lX11 '$(SRC)/cpg/libgcc_path.sh' -lgcc -lm -lc -lbsd
と設定し、また以下の置換も実施（GPSのインストールノートも参照）。

/usr/X11R6/include→/usr/include
/usr/X11R6/lib→/usr/lib64

この状態でmakeを実行したが、X11/Xlib.hがないというメッセージが出てしまう。
yum install xorg*X11*
を実行すると幾つかヘッダーファイル（.h）がインストールされたが、
Xlib.hはない。

ifortにPATHをとおす

~/.bashrcで、aliasコマンドを使って

alias ifort='/opt/intel/bin/ifort'

としてPATHを通したつもりだったのですが、

makeしても

/bin/sh: 行 ?: ifort: コマンドが見つかりません

というエラーが出て、コンパイルできず。

~/.bashrcに

PATH="$PATH":/opt/intel/bin

を追加してやったところ、コンパイルできました。

Intel Fortran Compilerインストール 備忘録2

インストールが、

g++がインストールされていない

ために先に進まなくなったため、

http://y-okamoto-psy1949.la.coocan.jp/CppBldr/ck_time/

を参考にして、

yum groupinstall “Development Tools”

を実行。

ちなみに、Fedora16はまだサポートされていないようで、

途中でインストールが止まる（続行可能）。

Intel Fortran Compilerインストール 備忘録1

Intel Fortran Compilerをインストールした時のメモ。

まずインストール前に

/etc/sysconfig/selinux中で、

SELINUX=enforcing

という記述を

SELINUX=disabled

もしくは

SELINUX=permissive

に変更する必要がある。

PCを間違えてリカバリしてしまった。。。

年末を前に、PCを間違えてリカバリしてしまいました。
Linux環境が全部消えてしまったのが痛い。。。

とりあえずIntel Fortranコンパイラの非商用版はダウンロードできるかな？
と思って、IntelのHPを覗いてみた。

久々のせいか、さっぱり外観が変わっていて、
ダウンロードページにたどり着けない。

いろいろ試した結果、
"Free Non-Commercial Download"
をキーワードとしてYahooで検索して出てくる
Intel Software Networkのページへ行けばよいことが分かった。

また久々になってしまった

晴れないし、蒸し暑いし。。。

今日は「奇跡」という映画を見てきました。

全然期待していなかったんですが、かなり感動しました。

まえだまえだ、ネタはほとんど見たことないけど演技がよかったなー。

samba

vmware player + samba

でWindowsからFedoraのファイルに

アクセスしようと試みるも失敗。

設定は以下のページを参照。

http://fedorasrv.com/samba.shtml

共有ディレクトリ関係は設定せず（複数ユーザーではないので）。

smb, nmbを起動させたが、

Windowsの"ファイル名を指定して実行"でIPアドレスを

打ちこんでもアクセス出来ず。

ちなみにIPアドレスは

/sbin/ifconfig

を実行して表示される（eth0のinet addr）。

新年あけましておめでとうございます。

今年もよろしくお願いします。

あんまりネタがなくて、

更新が滞ってしまっていますが。。。

しばらく

空いてしまいました。

なんか最近はついていないのか、

よくないことが多かった。

でも気にしていてもはじまらない。

はやく年末年始休みがこないかな。



映画館に4週連続で通ってましたが、とうとう今週とぎれました。

邦画ばかり。今後見たい映画も邦画ばかり。

次に洋画を見るとしたら、アバターかシャッターアイランドか？

シャッターアイランド、前売り券を買ったのに公開が延期された。

何でだろう。

C++のコメントアウト

今日から夏休み。

天気がよくていいですねー。

どこか旅行に行きたい。

WideStudioのインストールに関して。

ソースコードのコメントアウトに関して。

#じゃだめで

//を行の先頭につけること。

基礎が分かってないから、変なところで時間をくう。

マイケル

今日CDショップを覗いたところ、
マイケルジャクソンのベストCDが売り切れていた。

しかたなく今はyoutubeで聞いてる。
Heal The World
いい歌だ。。。

ディアドクター

この作品を見に行こうと思ったきっかけは、
瑛太が出ていたこと。もし出ていなかったら見たかどうか。
「ゆれる」の西川監督作品ということは認識してたけど。
個人的には「ゆれる」よりは断然こちらが印象に残った。

この作品は、コピーにあるように「嘘」がテーマ。
主人公が医者ということで、ある程度オチは読めていた
（そして、終盤までその嘘で引っ張ったりしない）。

この作品の魅力は、その嘘が何かということではなく、
その見せ方だと思った。
ゆれるでも嘘をテーマにしてたけど
映像にまで嘘が入り込んでた。
そこがあまり自分に合わなかった理由。

そういう意味で
・気胸の治療をするシーン
・胃がんについて勉強するシーン
・研修医に嘘を告白しようとするシーン
・ばあちゃんの娘さんに胃潰瘍だと説明するシーン
は非常に印象に残った。

ただ締めが少し蛇足というか、ダレタというか。
安直すぎたのが残念な気もする。

久々にパンフレットまで買ってしまった。
カバー付き、と思って帰ってきてよく見ると
ポスターみたい。