gccのバージョンの確認方法

gcc -dumpversion

dviファイルからpdfファイルに変換

dvips
でpsファイルに変換。

ps2pdf
でpdfファイルに変換。

Ubuntu14.04のpdfビューア

http://sicklylife.hatenablog.com/entry/2014/10/04/204523

evince

Ubuntu 14.04にlatexをインストール

http://qiita.com/ynakayama/items/706ae9e59c1b6fd3e3d2
を参考にインストール。

sudo apt-get -y install texlive # 本体
sudo apt-get -y install texlive-lang-cjk # 日本語版 (UTF8 対応)
sudo apt-get -y install xdvik-ja # プレビューを見るのに必要
sudo apt-get -y install dvipsk-ja # DVI から PostScript への変換用
sudo apt-get -y install gv #  Ghostscript 、 ps 形式の図を取り込んだ文書の作成用
sudo apt-get -y install texlive-fonts-recommended texlive-fonts-extra # TeX 用フォント

を実行。 

Ubuntu16.04にTensorFlowをインストール

深層学習が流行りということで、
とりあえずライブラリ（TensorFlow）をインストールしてみる。

OSはUbuntu 16.04。

まずはAnaconda（Pythonのパッケージとのこと）をインストール。
http://pythondatascience.plavox.info/python%e3%81%ae%e3%82%a4%e3%83%b3%e3%82%b9%e3%83%88%e3%83%bc%e3%83%ab/anaconda-ubuntu-linux/

conda -V
を実行する前に
source ~/.bashrc
を実行すること。
もしくは新しいterminalを立ち上げてから実行する。

TensorFlow自体のインストールは下記サイトを参考に実行。
http://pythondatascience.plavox.info/tensorflow%E3%81%A7%E3%83%87%E3%82%A3%E3%83%BC%E3%83%97%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%83%8B%E3%83%B3%E3%82%B0/ubuntu-linux%E3%81%AB%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB/

IllinoisGRMHDインストール方法 備忘録 追記

●事前の準備
・gitのインストール
yum （もしくはapt-get） install git

・subversionのインストール
yum （もしくはapt-get） install subversion

・Einstein Toolkitのインストール

curl -kLO https://raw.githubusercontent.com/gridaphobe/CRL/ET_2016_05/GetComponents
chmod a+x GetComponents
./GetComponents --parallel https://bitbucket.org/einsteintoolkit/manifest/raw/ET_2016_05/einsteintoolkit.th

・OpenMPIのインストール

http://hi-a-tus.hatenablog.com/entry/2014/11/30/120452

を参考にする。

gfortranでのライブラリのパスのあて方

http://myfuturesightforpast.blogspot.jp/2014/12/gfortran-has-no-include-and-library.html
にあるように、LD_LIBRARY_PATHの変数に登録しても、
パスは通らない。

-L/home/...といった感じでコンパイル時のオプションで指定するか、
/usr/local/libにコピーする必要がある。

Ubuntsu 14.04でLAPACKを使う

まず、準備としてコンパイラをインストール。

sudo apt-get install gcc g++ gfortran

を実行。

実際のLAPACKのインストールは

http://qiita.com/AnchorBlues/items/69c1744de818b5e045ab

にある通りに実行する。 

IllinoisGRMHDインストール方法 備忘録

Fedoraにインストールするための備忘録。

http://math.wvu.edu/~zetienne/ILGRMHD/getstarted.html
を参考にすれば、基本的にはOK。

Step 4 の前に
cp simfactory/mdb/optionlists/ubuntu.cfg .
を実行する。

 ubuntu.cfgをエディタで開き、MPI_DIR = 以降にOpenMPIを
インストールしたディレクトリを指定。
http://hi-a-tus.hatenablog.com/entry/2014/11/30/120452
を参考にインストールした今回は、
/usr/local/openmpi-1.10.3_gcc-5.3.1/
を指定。
 
Step 4にあるように、
make_config-runmefirstをエディタで開き
options=ubuntu.cfgと修正する。

あとは、参考サイトの通り進める。

Fedora23へのOpenMPIのインストール

http://hi-a-tus.hatenablog.com/entry/2014/11/30/120452
を参考にした。
なお現時点でOpenMPIの最新バージョンは1.10.3なので
バージョンの数字は適宜変更。

Intel（インテル）のコンパイラの置き換え

makeする時などの
環境変数の置き換え

●Fortran
ifort⇒gfortran

●C
icc⇒gcc

●C++
icpc⇒g++

Fedora20でのキーマップの変更

画面右上にen▼（英語キーボードが選択されている場合）
のように表示されているところがある。
そこをクリックすると、キーマップを選択できる。

私の場合は、そこに"英語（US"）と"日本語（かな漢字）"
しかなく、通常の日本語キーボードのキーマップが
選択できなかった。

そこで、デスクトップの背景画面上で右クリック
⇒"設定"をクリック
⇒"キーボード"をクリック
⇒画面左下の"入力ソース"をクリック
⇒画面左下の"＋"をクリック
⇒"日本語"をクリック
⇒"日本語"をハイライトして"追加"をクリック

この作業により、"日本語"のキーマップを選択できるようになった。

なお、ネットで調べたところjp106.kmap.gzが
日本語のキーマップが定義されているファイルとのこと。
/lib/kbd/keymaps/xkb/にはなく、
/lib/kbd/keymaps/legacy/i386/qwerty/にあったため、
/lib/kbd/keymaps/xkb/にコピーしておいた。
このコピー作業は不要かもしれない。

Fedora20でGDLをインストール

yum install gdl-0.9.5-1.fc20.x86_64
を実行（yum provides gdl*を実行して、 それっぽいものを検索）。

インストール完了後、
gdl
と起動を試みるも、libnetcdf.so.7が開けない
と怒られたため、 yum install libnetcdf.so.7
を実行。そうした後もgdlを実行すると
先ほどと同様のエラーが出る。
libnetcdf.so.7にパスが通っていないためである。
/lib64/openmpi/lib/libnetcdf.so.7があったので、
~/.bashrcのLD_LIBRARY_PATHに/lib64/openmpi/libを
追加してからgdlを実行したところ、起動できた。

Fedora20でのPGPLOTのインストール

基本的にはここの過去の記事を参考にインストール。

異なるところは、

yum install *g77*
でg77をインストールして、
yum install libXt-devel-1.1.4-7.fc20.x86_64
でX.org X11 libXt development packageをインストール。

以下、手順を簡潔に記載。
1. drivers.listを編集（GIF, NULL, PS, CPS, XWINDOW, XSERVEを有効にしてみた）。
2. /usr/local/pgplotで
/usr/local/src/pgplot/makemake /usr/local/src/pgplot linux g77_gcc
を実行。
3. Makefileを編集。
/usr/X11R6/include→/usr/include
/usr/X11R6/lib→/usr/lib64
4. makeを実行。

これでコンパイルは成功した。

ZipファイルをLinuxで解凍

unzip filename

http://uguisu.skr.jp/Windows/tar.html
が参考になりそう。

Error

Making all in mca/osc/sm
make[2]: ディレクトリ `/root/openmpi-1.8.3/ompi/mca/osc/sm' に入ります
CC osc_sm_component.lo
osc_sm_component.c: In function 'component_select':
osc_sm_component.c:313:11: error: 'ompi_osc_sm_module_t' has no member named 'my_sense'
module->my_sense = 1;
^
osc_sm_component.c:339:63: error: 'ompi_osc_sm_global_state_t' has no member named 'mtx'
ret = pthread_mutex_init(&module->global_state->mtx, &mattr);
^
osc_sm_component.c:345:66: error: 'ompi_osc_sm_global_state_t' has no member named 'cond'
ret = pthread_cond_init(&module->global_state->cond, &cattr);
^
osc_sm_component.c:351:33: error: 'ompi_osc_sm_global_state_t' has no member named 'sense'
module->global_state->sense = module->my_sense;
^
osc_sm_component.c:351:49: error: 'ompi_osc_sm_module_t' has no member named 'my_sense'
module->global_state->sense = module->my_sense;
^
osc_sm_component.c:352:33: error: 'ompi_osc_sm_global_state_t' has no member named 'count'
module->global_state->count = ompi_comm_size(module->comm);
^
make[2]: *** [osc_sm_component.lo] エラー 1
make[2]: ディレクトリ `/root/openmpi-1.8.3/ompi/mca/osc/sm' から出ます
make[1]: *** [all-recursive] エラー 1
make[1]: ディレクトリ `/root/openmpi-1.8.3/ompi' から出ます
make: *** [all-recursive] エラー 1

openmpiインストール時のmake allでエラー（備忘録）

/root/openmpi-1.8.3/
でmake allをしたらエラーが出る。
後日、対策を調査。今日は寝る。

gfortran, gccインストール

昨日投稿したrpmでのインストールは、
依存性の問題が出てインストールできず。

yum install gcc-gfortran
を実行したらインストールできた。

Fedora20でgfortranをインストール

実家でFedora20をインストールした時は
gfortranがインストールされていたけど、
家のPCにインストールしたら入っていなかったので
手動でインストール。

https://ask.fedoraproject.org/en/question/38123/gfortran-in-fedora-20/
に記述されている
http://mirror.i3d.net/pub/fedora/linux/releases/20/Everything/x86_64/os/Packages/g/gcc-gfortran-4.8.2-1.fc20.x86_64.rpm
をダウンロード。

http://www.atmarkit.co.jp/flinux/rensai/linuxtips/049instrpm.html
に記述されているように
rpm -ivh gcc-gfortran-4.8.2-1.fc20.x86_64.rpm
を実行。

libquadmath-devel = 4.8.2-1.fc20 は gcc-gfortran-4.8.2-1.fc20.x86_64 に必要とされています。
というメッセージが出てインストールが進まない場合は、
https://ask.fedoraproject.org/en/question/39398/package-dependency-error/
に記述されているように
yum install libquadmath-devel libquadmath libgomp libgfortran gcc libstdc++ cpp
yum update
を実行。

Fedora20インストールと初期設定、OpenMPIインストール

Fedora20のインストールと初期設定、OpenMPIのインストールで 苦戦した事に関する忘備録（ただし、OpenMPIのインストールは完了していない）。

・Fedora20のインストールと初期設定
インストール途中で設定したroot、ユーザーのパスワードを打っても
ログイン出来ない、画面ロックを解除できない
という事態が発生。パスワードを長くし過ぎて大文字小文字を間違えて
打っていた可能性も否定できないが。。。
応急処置として、画面ロックされないように、
すべての設定（画面右上の電源マークをクリック、下段一番左下のアイコンをクリック）
の電源のブランクスクリーンをOff、自動サスペンドもOffに設定。
プライバシーの画面ロックもOffに設定。
時計がずれていたら、画面中央の時間が表示されている部分をクリック、
カレンダーの下にある3つの選択肢の一番下（日本語だと、日時の設定）
をクリック。ロック解除をクリックして、rootパスワードを入力。
タイムゾーンをJST（東京、日本）に変更。

デフォルトだとログオフが表示されていないので、
terminalを開いて、
gsettings set org.gnome.shell always-show-log-out true
を実行。参考にしたサイトは、
http://chocolapod.sakura.ne.jp/blog/entry/69

・OpenMPIのインストール
http://www.open-mpi.org/
に行って、画面左側のOpen MPI Software/Downloadをクリックして、
最新版の*tar.gz（現時点でopenmpi-1.8.3.tar.gz）をダウンロード。

http://d.hatena.ne.jp/cmphys/20120628/1340900709
に書かれた手順でインストールを試行中。
http://webkaru.net/clang/intel-compiler-install/
にリンクのある
https://software.intel.com/en-us/non-commercial-software-development
からLinux用フリーのIntelコンパイラーをダウンロードしようとするも、
"under revision"ということで、ダウンロードできず。。。

なので、.configureで指定するコンパイラーは、gcc, gfortranで代用。
configure: error: C++ preprocessor "/lib/cpp" fails sanity check
とエラーメッセージが出力されたら、
yum install gcc-c++
を実行（c++のコンパイラーはデフォルトではインストールされていない模様）。

make allの途中でエラー発生。対処方法を探すのはまた今度（いつになるか不明）。