Optunaのインストール

pip install optuna
とすると
TypeError: parse() got an unexpected 
keyword argument 'transport_encoding'
とエラーが出てしまった。

https://qiita.com/waku2011/items/4af412bf1d24eef309a9
を参考に
 C:\Users\Anaconda3\Lib\site-packages\で
$ git clone https://github.com/pfnet/optuna.git
$ cd optuna
$ python setup.py install を実行。 import optuna はうまくいった。

matplotlibのcontour.pyのエラー

raise ValueError("Contour levels must be increasing")
というエラーが出たので、ネットの記事を参考に
numpyとmatplotlibをアンインストールして、
pip install numpy==1.10.2
pip install matplotlib==1.5.0
を実行したところ、エラーが出なくなった。

tkinterを使いたいのに、pyenvだとエラーが出る

import _tkinter # If this fails your Python
may not be configured for Tk
ImportError: No module named '_tkinter'
というエラーが出てしまう。

先にtk-develをインストールしておく
必要があるとのこと。

pyenv uninstall *.*.*
で一旦アンインストールして

sudo dnf install tk-devel
（Fedoraの場合）
を実行してから再度

pyenv install *.*.*
でインストールすれば
エラーが消えました。

Fedoraにpyenvをインストール

http://note.east-eden.net/note/?p=170

$ sudo dnf install gcc gcc-c++ make git openssl-devel bzip2-devel zlib-devel readline-devel sqlite-devel libffi-devel

$ sudo git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /usr/bin/.pyenv
$ cd /usr/bin/.pyenv
$ sudo mkdir shims
$ sudo mkdir versions

########## 追記 ##########
/usr/bin/.pyenv
以下の所有者、グループの設定が
rootのため書き込みできなかった。
そのため、chown, chgrpで
自ユーザーに変更
#########################

$ vi ~/.bashrc
; 下記を追記
export PYENV_ROOT="/usr/bin/.pyenv" if [ -d "${PYENV_ROOT}" ]; then export PATH=${PYENV_ROOT}/bin:$PATH
eval "$(pyenv init -)"
fi ; ここまで
$ source ~/.bashrc

$ pyenv install --list
でインストール可能なpythonのバージョンを確認

pyenv install 2.7.16
（python2を使いたかったので）
pyenv install 3.7.1
（システムの元々のデフォルトバージョン）

$ pyenv global 2.7.16
（バージョン部分は適宜変更）

Windowsにtslearnをインストール

ネットで調べると
pip install tslearn
でインストールできる
という記述が出てくるが、
Visual C++が必要とのエラーが出る
（Visual Studio Communityをインストールすると
解決する）。

githubのtslearnのサイトを見ると一番最初に
conda install -c conda-forge tslearn
と書いてある。実際にこの方法でやれば
さきほどのエラーは出ない
（Anaconda promptを管理者で実行しなかったために
エラーは出たが。。。）

Fedora29へのOpenMPIのインストール

https://www.open-mpi.org/
へ行き、Downloadをクリック。
最新版（今日現在は、v4.0.0）のtar.gzをダウンロード。

解凍し、作成されたディレクトリに移動し

sudo ./configure --prefix=/usr/local/bin

sudo make

sudo make install

 
を実行。

Fedora29でgfortran、gccをインストール

http://www.rivhiro-weather.com/knowledge/?p=806

yum install gcc-gfortran libgfortran

 yum install gcc-c++

Fedora29でC/C++の開発環境をインストールする

https://www.hiroom2.com/2018/12/15/fedora-29-eclipse-cdt-ja/

sudo dnf install -y eclipse-cdt

Fedora24でVisIt

バージョン2.10.3であれば
https://wci.llnl.gov/simulation/computer-codes/visit/executables
からexecutableのファイル（tar.gz）をダウンロードして
解凍して、bin/visitを実行すれば起動する。

ただし、
libpng12.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
というエラーが出る場合は
sudo yum install libpng12
を実行する。

フリーの最適化ソフト DAKOTAをFedora24にインストール

cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/dakota /home/.../dakota-6.7.0.src
という感じでインストールを試したところ

CMake Error at CMakeLists.txt:245 (enable_language):
  No CMAKE_CXX_COMPILER could be found.

  Tell CMake where to find the compiler by setting either the environment
  variable "CXX" or the CMake cache entry CMAKE_CXX_COMPILER to the full path
  to the compiler, or to the compiler name if it is in the PATH.

というエラーが出てうまくいきません。

そこで

sudo yum install gcc-c++

を実行して

cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/dakota /home/.../dakota-6.7.0.src -CMAKE_CXX_COMPILER=/usr/bin/g++

を試してみると、今度は

CMake Error at CMakeLists.txt:315 (find_package):
  Could not find a package configuration file provided by "LAPACK" with any
  of the following names:

    LAPACKConfig.cmake
    lapack-config.cmake

  Add the installation prefix of "LAPACK" to CMAKE_PREFIX_PATH or set
  "LAPACK_DIR" to a directory containing one of the above files.  If "LAPACK"
  provides a separate development package or SDK, be sure it has been
  installed.

というエラーが出てしまいます。そこでliblapack.so.3gf（シンボリックリンク）があるのが/usr/lib

なので

cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/dakota /home/.../dakota-6.7.0.src -CMAKE_CXX_COMPILER=/usr/bin/g++ -CMAKE_LAPACK_DIR=/usr/lib

を試してみると、だいぶ進みますが

CMake Error at packages/external/teuchos/cmake/tribits/modules/FindPythonInterp.cmake:119 (IF):
  if given arguments:

    "VERSION_LESS" "2.4"

  Unknown arguments specified

というエラーが出ます。

https://software.sandia.gov/trac/dakota/attachment/ticket/4336/patch.patch

を参考に

dakota-6.7.0.src/ackages/external/teuchos/cmake/tribits/modules/FindPythonInterp.cmake

を修正します。

今度は

CMake Error at packages/external/teuchos/cmake/tribits/package_arch/TribitsTplDeclareLibraries.cmake:342 (MESSAGE):
  Could not find the BLAS Library! Please manually set BLAS_LIBRARY_DIRS
  and/or BLAS_LIBRARY_NAMES or just TPL_BLAS_LIBRARIES to point to the BLAS
  libraries!

というエラーが出ます。

そこで~/.bashrcに
export BLAS_LIBS=/usr/lib
export LAPACK_LIBS=/usr/lib
と記述して
cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/dakota /home/hiromitsu/Simulation/dakota-6.7.0.src -CMAKE_CXX_COMPILER=/usr/bin/g++ -CMAKE_LAPACK_DIR=/usr/lib/ -DBLAS_LIBS=/usr/lib/libblas.so.3gf.0 -DLAPACK_LIBS=/usr/lib/liblapack.so.3gf.0
と実行すると、さらに進みますが

CMake Error at packages/external/acro/packages/colin/CMakeLists.txt:11 (message):
   Cannot build colin without Boost.  Please enable USE_BOOST and set Boost_INCLUDE_DIR

CMake Error: The following variables are used in this project, but they are set to NOTFOUND.
Please set them or make sure they are set and tested correctly in the CMake files:
Boost_INCLUDE_DIR (ADVANCED)
というエラーが出ます。

今日はここまで。。。

フリーの最適化ソフト DAKOTAをFedora24にインストール（事前準備）

http://mogura7.zenno.info/~et/wordpress/ocse/?p=871#more-871
を参考に、事前準備を実施。

Boostは上記サイトにあるようにインストールできるが、
BLAS, LAPACKは
動的ライブラリ（*.so）が必要とのこと。

そこで
https://qiita.com/AnchorBlues/items/69c1744de818b5e045ab
にある手順をベースにしつつも
make.incのgfortranでのコンパイルオプションに
-fPICを追加してコンパイル。

コンパイル後、
BLAS/SRC/で
gfortran -shared -lpthread -lgomp -o libblas.so *.o
sudo ln -s /home/.../lapack-3.8.0/BLAS/SRC/libblas.so /usr/lib/libblas.so.3gf.0

SRC/で
gfortran -shared -lpthread -lgomp -o liblapack.so *.o
sudo ln -s  /home/.../lapack-3.8.0/SRC/liblapack.so /usr/lib/liblapack.so.3gf
を実行
（https://qiita.com/_akisato/items/d5de60e38b5a69387bde
を参考にしてみた）。

ただし、まだ正しく*.soが作成できたかは不明。
これからDAKOTAのインストールを試してみる。

Fedora24用 gfortran rpmファイル

事情により再びFedoraで数値計算をする必要が出たが、
gfortranがyumでインストールできないため
下記サイトからrpmファイルをダウンロードして
インストール。

su
（パスワード入力）
rpm -ivh gcc-gfortran-6.3.1-1.fc24.x86_64.rpm
でインストール

http://rpm.pbone.net/index.php3/stat/4/idpl/39452465/dir/fedora_24/com/gcc-gfortran-6.3.1-1.fc24.x86_64.rpm.html

なんで最新版のFedoraではないかというと、既にインストール済で
その環境をそのまま使いたかったから。

Athena++で並列計算

OpenMPIをインストールした後で
atheta++に関するconfigure実行時に、-mオプションを追加。

make実行時に
mpicxx: error while loading shared libraries: libopen-pal.so.20: cannot open shared object file: No such file or directory
といったエラーが出る場合は、
sudo ldconfig
を実行する。

ただし、現状では

src/outputs/athena_hdf5.cpp

のコンパイルでエラーが出てしまう。

Ubuntu 16.04でVisit+Athena++環境構築（その2）

./athena: error while loading shared libraries: libhdf5.so.101: cannot open shared object file: No such file or directory

というエラーが実行時に出た場合は、

~/.bashrcに

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/hdf5/lib:$LD_LIBRARY_PATH

を追記して、

source ~/.bashrc

を実行してから再度athenaを実行する。

Ubuntu 16.04でVisit+Athena++環境構築（その1）

1. まずはgitをインストール
sudo apt-get install git

2. Athena++をダウンロード
git clone https://github.com/PrincetonUniversity/athena-public-version

3. hdf5ライブラリをインストール
https://www.hdfgroup.org/downloads/hdf5/source-code/
からtar.gzをダウンロード

tar.gzを解凍。

解凍されたディレクトリに移動。

./configure --prefix=/usr/local/hdf5 --enable-fortran --enable-cxx
make -j8
make -j8 check
sudo make install
sudo make check-install

pgplotインストール時のコンパイラ

g77だと
"リンクが完了しなかったのでリンカの入力ファイルは使われませんでした"
というメッセージがたくさん出てしまう。
なのでgfortranに変更する。

LORENEはlibcpgplot.aも使用するので
make cpg
も実行する。

Fedora 24にGSLをインストール

rootで
yum install gsl
を実行。

しかし、libgsl.aが作成されないので、
https://na-inet.jp/na/gsl.html
を参考に、
http://www.ring.gr.jp/pub/GNU/gsl/
から gsl-2.1.tar.gzをダウンロードし、
% ./configure --prefix=/usr/local; make; su
# make install
を実行。

インストールが成功すると
/usr/local/lib/libgsl.a
ができる。

Fedora 23でLORENEコードをインストール

64bit環境なので、まずは
Lorene/Local_settings_examples/local_settings_linux_gcc-4_x86-64
を
Lorene/local_settings
にコピー。

https://github.com/FFTW/fftw3
からzipファイルをダウンロード。
unzipで解凍して、
fftw3-master/api/fftw3.h
を
/usr/include/
にコピーする。

mkdir /user/include/gsl
を実行したのち、
https://github.com/ampl/gsl
からzipファイルをダウンロード。
unzipで解凍して、
gsl-master/
もしくは
gsl-master/specfunc/
にある
gsl_inline.h
gsl_precision.h
gsl_sf_result.h
gsl_mode.h
gsl_sf_bessel.h
gsl_types.h
を
/usr/include/gsl/
にコピーする。

最後に
Lorene/
でmakeを実行する。

gccのバージョンの確認方法

gcc -dumpversion

dviファイルからpdfファイルに変換

dvips
でpsファイルに変換。

ps2pdf
でpdfファイルに変換。

Ubuntu14.04のpdfビューア

http://sicklylife.hatenablog.com/entry/2014/10/04/204523

evince

Ubuntu 14.04にlatexをインストール

http://qiita.com/ynakayama/items/706ae9e59c1b6fd3e3d2
を参考にインストール。

sudo apt-get -y install texlive # 本体
sudo apt-get -y install texlive-lang-cjk # 日本語版 (UTF8 対応)
sudo apt-get -y install xdvik-ja # プレビューを見るのに必要
sudo apt-get -y install dvipsk-ja # DVI から PostScript への変換用
sudo apt-get -y install gv #  Ghostscript 、 ps 形式の図を取り込んだ文書の作成用
sudo apt-get -y install texlive-fonts-recommended texlive-fonts-extra # TeX 用フォント

を実行。 

Ubuntu16.04にTensorFlowをインストール

深層学習が流行りということで、
とりあえずライブラリ（TensorFlow）をインストールしてみる。

OSはUbuntu 16.04。

まずはAnaconda（Pythonのパッケージとのこと）をインストール。
http://pythondatascience.plavox.info/python%e3%81%ae%e3%82%a4%e3%83%b3%e3%82%b9%e3%83%88%e3%83%bc%e3%83%ab/anaconda-ubuntu-linux/

conda -V
を実行する前に
source ~/.bashrc
を実行すること。
もしくは新しいterminalを立ち上げてから実行する。

TensorFlow自体のインストールは下記サイトを参考に実行。
http://pythondatascience.plavox.info/tensorflow%E3%81%A7%E3%83%87%E3%82%A3%E3%83%BC%E3%83%97%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%83%8B%E3%83%B3%E3%82%B0/ubuntu-linux%E3%81%AB%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB/

IllinoisGRMHDインストール方法 備忘録 追記

●事前の準備
・gitのインストール
yum （もしくはapt-get） install git

・subversionのインストール
yum （もしくはapt-get） install subversion

・Einstein Toolkitのインストール

curl -kLO https://raw.githubusercontent.com/gridaphobe/CRL/ET_2016_05/GetComponents
chmod a+x GetComponents
./GetComponents --parallel https://bitbucket.org/einsteintoolkit/manifest/raw/ET_2016_05/einsteintoolkit.th

・OpenMPIのインストール

http://hi-a-tus.hatenablog.com/entry/2014/11/30/120452

を参考にする。

gfortranでのライブラリのパスのあて方

http://myfuturesightforpast.blogspot.jp/2014/12/gfortran-has-no-include-and-library.html
にあるように、LD_LIBRARY_PATHの変数に登録しても、
パスは通らない。

-L/home/...といった感じでコンパイル時のオプションで指定するか、
/usr/local/libにコピーする必要がある。

Ubuntsu 14.04でLAPACKを使う

まず、準備としてコンパイラをインストール。

sudo apt-get install gcc g++ gfortran

を実行。

実際のLAPACKのインストールは

http://qiita.com/AnchorBlues/items/69c1744de818b5e045ab

にある通りに実行する。 

IllinoisGRMHDインストール方法 備忘録

Fedoraにインストールするための備忘録。

http://math.wvu.edu/~zetienne/ILGRMHD/getstarted.html
を参考にすれば、基本的にはOK。

Step 4 の前に
cp simfactory/mdb/optionlists/ubuntu.cfg .
を実行する。

 ubuntu.cfgをエディタで開き、MPI_DIR = 以降にOpenMPIを
インストールしたディレクトリを指定。
http://hi-a-tus.hatenablog.com/entry/2014/11/30/120452
を参考にインストールした今回は、
/usr/local/openmpi-1.10.3_gcc-5.3.1/
を指定。
 
Step 4にあるように、
make_config-runmefirstをエディタで開き
options=ubuntu.cfgと修正する。

あとは、参考サイトの通り進める。

Fedora23へのOpenMPIのインストール

http://hi-a-tus.hatenablog.com/entry/2014/11/30/120452
を参考にした。
なお現時点でOpenMPIの最新バージョンは1.10.3なので
バージョンの数字は適宜変更。

Intel（インテル）のコンパイラの置き換え

makeする時などの
環境変数の置き換え

●Fortran
ifort⇒gfortran

●C
icc⇒gcc

●C++
icpc⇒g++

Fedora20でのキーマップの変更

画面右上にen▼（英語キーボードが選択されている場合）
のように表示されているところがある。
そこをクリックすると、キーマップを選択できる。

私の場合は、そこに"英語（US"）と"日本語（かな漢字）"
しかなく、通常の日本語キーボードのキーマップが
選択できなかった。

そこで、デスクトップの背景画面上で右クリック
⇒"設定"をクリック
⇒"キーボード"をクリック
⇒画面左下の"入力ソース"をクリック
⇒画面左下の"＋"をクリック
⇒"日本語"をクリック
⇒"日本語"をハイライトして"追加"をクリック

この作業により、"日本語"のキーマップを選択できるようになった。

なお、ネットで調べたところjp106.kmap.gzが
日本語のキーマップが定義されているファイルとのこと。
/lib/kbd/keymaps/xkb/にはなく、
/lib/kbd/keymaps/legacy/i386/qwerty/にあったため、
/lib/kbd/keymaps/xkb/にコピーしておいた。
このコピー作業は不要かもしれない。

Fedora20でGDLをインストール

yum install gdl-0.9.5-1.fc20.x86_64
を実行（yum provides gdl*を実行して、 それっぽいものを検索）。

インストール完了後、
gdl
と起動を試みるも、libnetcdf.so.7が開けない
と怒られたため、 yum install libnetcdf.so.7
を実行。そうした後もgdlを実行すると
先ほどと同様のエラーが出る。
libnetcdf.so.7にパスが通っていないためである。
/lib64/openmpi/lib/libnetcdf.so.7があったので、
~/.bashrcのLD_LIBRARY_PATHに/lib64/openmpi/libを
追加してからgdlを実行したところ、起動できた。

Fedora20でのPGPLOTのインストール

基本的にはここの過去の記事を参考にインストール。

異なるところは、

yum install *g77*
でg77をインストールして、
yum install libXt-devel-1.1.4-7.fc20.x86_64
でX.org X11 libXt development packageをインストール。

以下、手順を簡潔に記載。
1. drivers.listを編集（GIF, NULL, PS, CPS, XWINDOW, XSERVEを有効にしてみた）。
2. /usr/local/pgplotで
/usr/local/src/pgplot/makemake /usr/local/src/pgplot linux g77_gcc
を実行。
3. Makefileを編集。
/usr/X11R6/include→/usr/include
/usr/X11R6/lib→/usr/lib64
4. makeを実行。

これでコンパイルは成功した。

ZipファイルをLinuxで解凍

unzip filename

http://uguisu.skr.jp/Windows/tar.html
が参考になりそう。

Error

Making all in mca/osc/sm
make[2]: ディレクトリ `/root/openmpi-1.8.3/ompi/mca/osc/sm' に入ります
CC osc_sm_component.lo
osc_sm_component.c: In function 'component_select':
osc_sm_component.c:313:11: error: 'ompi_osc_sm_module_t' has no member named 'my_sense'
module->my_sense = 1;
^
osc_sm_component.c:339:63: error: 'ompi_osc_sm_global_state_t' has no member named 'mtx'
ret = pthread_mutex_init(&module->global_state->mtx, &mattr);
^
osc_sm_component.c:345:66: error: 'ompi_osc_sm_global_state_t' has no member named 'cond'
ret = pthread_cond_init(&module->global_state->cond, &cattr);
^
osc_sm_component.c:351:33: error: 'ompi_osc_sm_global_state_t' has no member named 'sense'
module->global_state->sense = module->my_sense;
^
osc_sm_component.c:351:49: error: 'ompi_osc_sm_module_t' has no member named 'my_sense'
module->global_state->sense = module->my_sense;
^
osc_sm_component.c:352:33: error: 'ompi_osc_sm_global_state_t' has no member named 'count'
module->global_state->count = ompi_comm_size(module->comm);
^
make[2]: *** [osc_sm_component.lo] エラー 1
make[2]: ディレクトリ `/root/openmpi-1.8.3/ompi/mca/osc/sm' から出ます
make[1]: *** [all-recursive] エラー 1
make[1]: ディレクトリ `/root/openmpi-1.8.3/ompi' から出ます
make: *** [all-recursive] エラー 1

openmpiインストール時のmake allでエラー（備忘録）

/root/openmpi-1.8.3/
でmake allをしたらエラーが出る。
後日、対策を調査。今日は寝る。

gfortran, gccインストール

昨日投稿したrpmでのインストールは、
依存性の問題が出てインストールできず。

yum install gcc-gfortran
を実行したらインストールできた。

Fedora20でgfortranをインストール

実家でFedora20をインストールした時は
gfortranがインストールされていたけど、
家のPCにインストールしたら入っていなかったので
手動でインストール。

https://ask.fedoraproject.org/en/question/38123/gfortran-in-fedora-20/
に記述されている
http://mirror.i3d.net/pub/fedora/linux/releases/20/Everything/x86_64/os/Packages/g/gcc-gfortran-4.8.2-1.fc20.x86_64.rpm
をダウンロード。

http://www.atmarkit.co.jp/flinux/rensai/linuxtips/049instrpm.html
に記述されているように
rpm -ivh gcc-gfortran-4.8.2-1.fc20.x86_64.rpm
を実行。

libquadmath-devel = 4.8.2-1.fc20 は gcc-gfortran-4.8.2-1.fc20.x86_64 に必要とされています。
というメッセージが出てインストールが進まない場合は、
https://ask.fedoraproject.org/en/question/39398/package-dependency-error/
に記述されているように
yum install libquadmath-devel libquadmath libgomp libgfortran gcc libstdc++ cpp
yum update
を実行。

Fedora20インストールと初期設定、OpenMPIインストール

Fedora20のインストールと初期設定、OpenMPIのインストールで 苦戦した事に関する忘備録（ただし、OpenMPIのインストールは完了していない）。

・Fedora20のインストールと初期設定
インストール途中で設定したroot、ユーザーのパスワードを打っても
ログイン出来ない、画面ロックを解除できない
という事態が発生。パスワードを長くし過ぎて大文字小文字を間違えて
打っていた可能性も否定できないが。。。
応急処置として、画面ロックされないように、
すべての設定（画面右上の電源マークをクリック、下段一番左下のアイコンをクリック）
の電源のブランクスクリーンをOff、自動サスペンドもOffに設定。
プライバシーの画面ロックもOffに設定。
時計がずれていたら、画面中央の時間が表示されている部分をクリック、
カレンダーの下にある3つの選択肢の一番下（日本語だと、日時の設定）
をクリック。ロック解除をクリックして、rootパスワードを入力。
タイムゾーンをJST（東京、日本）に変更。

デフォルトだとログオフが表示されていないので、
terminalを開いて、
gsettings set org.gnome.shell always-show-log-out true
を実行。参考にしたサイトは、
http://chocolapod.sakura.ne.jp/blog/entry/69

・OpenMPIのインストール
http://www.open-mpi.org/
に行って、画面左側のOpen MPI Software/Downloadをクリックして、
最新版の*tar.gz（現時点でopenmpi-1.8.3.tar.gz）をダウンロード。

http://d.hatena.ne.jp/cmphys/20120628/1340900709
に書かれた手順でインストールを試行中。
http://webkaru.net/clang/intel-compiler-install/
にリンクのある
https://software.intel.com/en-us/non-commercial-software-development
からLinux用フリーのIntelコンパイラーをダウンロードしようとするも、
"under revision"ということで、ダウンロードできず。。。

なので、.configureで指定するコンパイラーは、gcc, gfortranで代用。
configure: error: C++ preprocessor "/lib/cpp" fails sanity check
とエラーメッセージが出力されたら、
yum install gcc-c++
を実行（c++のコンパイラーはデフォルトではインストールされていない模様）。

make allの途中でエラー発生。対処方法を探すのはまた今度（いつになるか不明）。

インクルードファイルの読み込み先を指定

Fortranのコンパイル時に、 インクルードファイル（今回は.hファイル）の 読み込み先（パス）を指定するには、 -I/home/username/.... のように、"-I"オプションをつける。

openMPIをインストール

並列化されているプログラムを実行したいんで、 MPICH2、openMPIのインストールを試みた。 ●MPICH2 yum provides *mpich* としても、それっぽいパッケージはヒットせず。 どうもソースコードをダウンロードして コンパイルしないとインストール出来ないみたい。 http://www.mpich.org/ のSource Codeと表記されているところからダウンロード出来る。 ●openMPI yum provides *openmpi* とすると、それっぽいパッケージが幾つかヒット。 yum install *openmpi* としたところ、インストール出来たっぽい。 mpif90で自分のソースコードをコンパイルしてみたけど、 そんなコンパイルオプションはないと怒られた （ifortでコンパイルする前提のMakefileを流用したから）。 並列化とは関係ない部分はgfortranを使っているのか分からないが、 エラーメッセージとしてgfortranでコンパイルした時と同じ エラーメッセージが表示された。

WideStudioの起動

WideStudioを起動しようと思ったら、

wsbuilder: error while loading shared libraries:
libws.so.3.98: cannot open shared object file:
No such file or directory

というメッセージが出て起動できず。

rootになって/etc/ld.so.confに

/usr/local/ws/lib/

を追加するもうまくいかず。

~/.bashrcで

LD_LIBRARY_PATH=path1:/usr/local/ws/lib
（path1はライブラリファイルがある他のパス）
export LD_LIBRARY_PATH

としたら起動できた。

WideStudio v3.98-7 インストール2

EXTERN.h, perl.hのインストール後もエラーが出る。

make cleanしてmakeしなおすと大量のメッセージが出て、

エラーメッセージを見逃すので、

make cleanせずにもう一度make。

ws-v3.98-7/src/x11/WSDxdraw.cppのコンパイル時に、

X11/Xft/Xft.hというファイルがないというエラー。

XSxcom.cppにインクルード文があるが、

そこに絶対パス（Fedora16では、/usr/include/X11/Xft/Xft.h）を指定してみた。

すると今度は（ws-v3.98-7/src/x11/で）リンクがうまく行っていない模様

（cannot find -lXext）。


次に試したのは、

ws-v3.98-7/sys/config/mkflags

で以下の置換をしたうえでmake。

/usr/X11R6/include→/usr/include
/usr/X11R6/lib→/usr/lib64

コンパイル時の-Lオプションは変わったが、エラーはまだ出る。

libXext.soがないというのが理由。

libXext.so.6があったので、

ln -s libXext.so.6 libXext.so

として試したら、コンパイルが成功。

rootになって、make installを実行して、インストールは終了。

WideStudio v3.98-7 インストール1

Fedora16へのインストール作業を実施。

configureの実行ではエラーが出なかったが、

makeで以前（http://bright98.blogspot.com/search?q=Extern.h）と

同様にエラーが出た。

今回はEXTERN.h、perl.hが存在していなかったので、

yum install perl-devel-5.14.2-191.fc16.x86_64

を実行。/usr/lib64/perl5/CORE/に

目的のヘッダファイルがインストールされた。

PGPLOTでの可視化は成功

http://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/linux/?PGPLOT
にあるように、以下の設定をすれば可視化はうまくいった
（以下はbashでの設定方法）。

export PGPLOT_DIR=/usr/local/pgplot/
export PGPLOT_DEV=/xserv
export PGPLOT_FOREGROUND=black
export PGPLOT_BACKGROUND=white
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/pgplot

コンパイル時の動的リンクライブラリに関するエラーの対処

昔作ったpgplotのソースファイルをコンパイルしようとしたところ、

ld: warning: libintlc.so.5, needed by /opt/intel/lib/intel64//libsvml.so, not found

ld: ./a.out: hidden symbol '__intel_cpu_indicator_init' in /opt/intel/lib/intel64//libirc.a(cpu_disp.o) is referenced by DSO

というエラーが出てしまった。ちなみに、libsvml.so, libintlc.so.5ともに

/opt/intel/lib/intel64にあった。

そこで/etc/ld.so.confに

/opt/intel/lib/intel64/

/usr/local/pgplot/

を追加（後者は多分今回のエラーには関係ないと思う）。

コンパイルは成功した。

Xlib.hインストール＆PGPLOTのコンパイル

Xlib.hのインストールは、

yum install libXt-devel-1.1.1-1.fc16

とすることでできた。

実家のPCにFedora9の環境があったので、

そちらからコピーすることも考えていたが、やらずに済んだ。

PGPLOTのインストールは途中でエラー終了。

makefile中のLIBS=...'$(SRC)/cpg/libgcc_path.sh'...

に関してのエラー。libgcc_path.shは

/usr/local/src/pgplot/cpg/libgcc_path.shにある

（どこで解凍したかに依存）。

絶対パス指定で実行すると、ライブラリがあるパスが幾つか表示された。

'$(SRC)/cpg/libgcc_path.sh'の部分を、表示されたパスの一つ

-L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.6.2

で置き換えたところコンパイルは進んだが、やはりエラー終了。

libpgplot.soはできていたが。。。

xserverができていないので、

http://bright98.blogspot.com/2007/05/pgplotxserver.html

と同様に、コマンドライン入力でコンパイルしたらできた。

これで可視化できるかは、まだテストしていないので不明。

Fedora16でのPGPLOT インストール

http://bright98.blogspot.com/2009/02/pgplot.html

と同様に、drivers.listを編集。

http://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/linux/?PGPLOT

にあるように、/usr/local/pgplotで

/usr/local/src/pgplot/makemake /usr/local/src/pgplot linux g77_gcc

を実行。makefileができます。Intel Fortran Compilerでコンパイルしたいので

FCOMPL=ifort
FFLAGD=-nbs
LIBS=-Vaxlib -L/usr/lib64 -lX11 '$(SRC)/cpg/libgcc_path.sh' -lgcc -lm -lc -lbsd
と設定し、また以下の置換も実施（GPSのインストールノートも参照）。

/usr/X11R6/include→/usr/include
/usr/X11R6/lib→/usr/lib64

この状態でmakeを実行したが、X11/Xlib.hがないというメッセージが出てしまう。
yum install xorg*X11*
を実行すると幾つかヘッダーファイル（.h）がインストールされたが、
Xlib.hはない。

ifortにPATHをとおす

~/.bashrcで、aliasコマンドを使って

alias ifort='/opt/intel/bin/ifort'

としてPATHを通したつもりだったのですが、

makeしても

/bin/sh: 行 ?: ifort: コマンドが見つかりません

というエラーが出て、コンパイルできず。

~/.bashrcに

PATH="$PATH":/opt/intel/bin

を追加してやったところ、コンパイルできました。

Intel Fortran Compilerインストール 備忘録2

インストールが、

g++がインストールされていない

ために先に進まなくなったため、

http://y-okamoto-psy1949.la.coocan.jp/CppBldr/ck_time/

を参考にして、

yum groupinstall “Development Tools”

を実行。

ちなみに、Fedora16はまだサポートされていないようで、

途中でインストールが止まる（続行可能）。

Intel Fortran Compilerインストール 備忘録1

Intel Fortran Compilerをインストールした時のメモ。

まずインストール前に

/etc/sysconfig/selinux中で、

SELINUX=enforcing

という記述を

SELINUX=disabled

もしくは

SELINUX=permissive

に変更する必要がある。

PCを間違えてリカバリしてしまった。。。

年末を前に、PCを間違えてリカバリしてしまいました。
Linux環境が全部消えてしまったのが痛い。。。

とりあえずIntel Fortranコンパイラの非商用版はダウンロードできるかな？
と思って、IntelのHPを覗いてみた。

久々のせいか、さっぱり外観が変わっていて、
ダウンロードページにたどり着けない。

いろいろ試した結果、
"Free Non-Commercial Download"
をキーワードとしてYahooで検索して出てくる
Intel Software Networkのページへ行けばよいことが分かった。

また久々になってしまった

晴れないし、蒸し暑いし。。。

今日は「奇跡」という映画を見てきました。

全然期待していなかったんですが、かなり感動しました。

まえだまえだ、ネタはほとんど見たことないけど演技がよかったなー。

samba

vmware player + samba

でWindowsからFedoraのファイルに

アクセスしようと試みるも失敗。

設定は以下のページを参照。

http://fedorasrv.com/samba.shtml

共有ディレクトリ関係は設定せず（複数ユーザーではないので）。

smb, nmbを起動させたが、

Windowsの"ファイル名を指定して実行"でIPアドレスを

打ちこんでもアクセス出来ず。

ちなみにIPアドレスは

/sbin/ifconfig

を実行して表示される（eth0のinet addr）。

新年あけましておめでとうございます。

今年もよろしくお願いします。

あんまりネタがなくて、

更新が滞ってしまっていますが。。。

しばらく

空いてしまいました。

なんか最近はついていないのか、

よくないことが多かった。

でも気にしていてもはじまらない。

はやく年末年始休みがこないかな。



映画館に4週連続で通ってましたが、とうとう今週とぎれました。

邦画ばかり。今後見たい映画も邦画ばかり。

次に洋画を見るとしたら、アバターかシャッターアイランドか？

シャッターアイランド、前売り券を買ったのに公開が延期された。

何でだろう。

C++のコメントアウト

今日から夏休み。

天気がよくていいですねー。

どこか旅行に行きたい。

WideStudioのインストールに関して。

ソースコードのコメントアウトに関して。

#じゃだめで

//を行の先頭につけること。

基礎が分かってないから、変なところで時間をくう。

マイケル

今日CDショップを覗いたところ、
マイケルジャクソンのベストCDが売り切れていた。

しかたなく今はyoutubeで聞いてる。
Heal The World
いい歌だ。。。

ディアドクター

この作品を見に行こうと思ったきっかけは、
瑛太が出ていたこと。もし出ていなかったら見たかどうか。
「ゆれる」の西川監督作品ということは認識してたけど。
個人的には「ゆれる」よりは断然こちらが印象に残った。

この作品は、コピーにあるように「嘘」がテーマ。
主人公が医者ということで、ある程度オチは読めていた
（そして、終盤までその嘘で引っ張ったりしない）。

この作品の魅力は、その嘘が何かということではなく、
その見せ方だと思った。
ゆれるでも嘘をテーマにしてたけど
映像にまで嘘が入り込んでた。
そこがあまり自分に合わなかった理由。

そういう意味で
・気胸の治療をするシーン
・胃がんについて勉強するシーン
・研修医に嘘を告白しようとするシーン
・ばあちゃんの娘さんに胃潰瘍だと説明するシーン
は非常に印象に残った。

ただ締めが少し蛇足というか、ダレタというか。
安直すぎたのが残念な気もする。

久々にパンフレットまで買ってしまった。
カバー付き、と思って帰ってきてよく見ると
ポスターみたい。

ダビンチコード

近所の図書館で借りて、1ヶ月以上かかって
上下巻を読了。映画を見てあらすじはしってたけど、
やはり細部は原作を読まないとすっきりしない。

ヨーロッパ旅行に行きたいなー。
ルーブル美術館とかサンタンジェロ城とか。

トランスフォーマー＆剱岳

金曜日に年休を取って、週末は実家に滞在。

人生で2度目の一日2本映画を鑑賞。

一本目はトランスフォーマーリベンジ

二本目は剱岳

本当は逆の順番が良かったんだけど。

予想通り剱岳の序盤は眠気に負けそうだった。

以下、感想。

1. トランスフォーマーリベンジ
初っ端から巨大トランスフォーマー出現で期待は膨らむが、
徐々にトーンダウン。トランスフォーマーの数は
前作より増えてるんだけど、
何故か前作の方がワクワクした気がする。
やっぱり初めての衝撃には勝てないんだろうか。
続編を匂わせて終了。3作目も見に行くかなー。

2. 剱岳
とにかく綺麗な映像が必見。
空気が澄んでると富士山まで見えちゃうんだね。
そして、いっさいCGなしっていうのが驚き。
事故もなく撮れたんだろうか？
浅野忠信の演技とクライマックスの登頂シーンが
微妙だったのが残念。

本当は土曜日にディアドクターを
見に行きたかったんだけど、
朝起きられず、昼も眠かったんで来週に、
と思ったら沼津・三島じゃやってないじゃん。
また来週も実家に帰るか。。。

あ、エヴァも公開されたね。
空いた頃に見に行こう。

ガマの油

役所広司の初監督作品。

正直、瑛太が出ているから見に行ったというところがある。

なのにまさか途中で。。。主要キャストかと思ってたのに。

むしろ澤屋敷純一の方が登場時間は長い←ちなみにこの人、K-1ファイター。

映画やドラマで見たことない気がしたし、新人かと思ってたら格闘家だったのね。

どうりで演技が。。。

二階堂ふみって子はなかなか魅力的だった。

初めて成海璃子を見た時の印象に似ている。

これから注目しておこう。

このヒロインがなかなか涙を見せず、最後の最後に泣くという演出は

なかなかいいかなと思ったよ。

現実と虚構が入り混じった感じがなんとも不思議な感じがする映画だった。

ところどころに笑えるシーンもあり。

TCUP2次元コードのテスト

密度,圧力の変わりに圧力,温度を基本変数とした

TCUP法の2次元コードが完成しテスト中。

キャビティ内の自然対流の計算を行っている。

壁境界を扱うのは初めてなので新鮮。

でも左右の壁の温度差が2[K]弱の計算なので

なかなか対流が成長しない。この結果は合っているのだろうか。。。

物理時間2秒の計算をするのに、200万time-stepもかかってるし。

瑛太

瑛太見たさにアンフェア（ドラマ版）をレンタル。

黒幕のことは知っててみたけど、結構楽しめた。

余命一ヶ月の花嫁も見たいけど、さすがに男一人では行きづらいんで

レンタル始まったら借りて見よう。

今月見た映画

5/1：GOEMON
映画の日で安かったんで。キャシャーンでがっかりしてたので
保険をかけて、映画の日にしておいた。
キャシャーンよりは大分面白くなっている。
それでも、少し長いとか説教くさくなるとか不満は多少あり。
あと映像きれいだけど、目がチカチカする。

5/16：天使と悪魔
予告で非常に面白そうな雰囲気だったんで、初日に鑑賞。
この日の夜にダビンチコードがテレビ放送だったし。
CMで見て気になっていた、ミカエルが剣を鞘に収める像があるサンタンジェロ城。
映画を見て実際に行きたくなった。。。
現在ダビンチコードの原作を読んでいる。天使と悪魔の方が出版されたのは先なんだ。

5/23：スラムドッグ＄ミリオネア
ミリオネアのセットも音楽も、どこかの会社がセット販売してるんだ（wiki情報）。
アカデミー賞とっただけあって、確かによかった。
主人公を演じた子供、実際に住むとこないらしい。

浮動小数点演算の一貫性

数値計算をしていて奇妙な現象に遭遇。

実行ファイル、インプットファイルが

完全に一致している（diffで確認）のに、

実行ディレクトリが違うだけで結果が一致しない。

write文をいたるところに挿入して確認したところ、

最初は倍精度変数の一番下の桁だけ違う

（当然どんどん誤差は拡大していくが）。

Z = a*b + c*dの計算で

a,b,c,dは一致しているのにZが違う。

ここまで確認して、もうこれはどうしようもないかと諦めかけた。

今日色々と調べたところ、Intel Fortran Compilerであれば

コンパイルオプションに-fp-model preciseを加えることで

回避できることが判明。

Fedora キーボード設定

32bit, 64bitに限らず
Fedoraのキーボード設定がおかしかった。

ネットで調べた結果、
ログイン画面（user IDの部分をクリックした後）の
下部にあるキーボードというところをクリックし、
Japanを選択。Japan(kana)とかもあるけど、ただのJapanでよい。

Fedora10 32bitでのXのインストール

http://wiki.x.org/wiki/

に行って、Getting Xの下のMirrorsへ。

X11R6.9.0のSingle Source Tar Fileから

X11R6.9.0-src.tar.gzをダウンロード。

適当なところで解凍するとxcというディレクトリができる。

まずwhich lndirでlndirというコマンドがあるか確認。

なければxc/config/utilで

make -f Makefile.ini lndir

cp lndir /usr/bin（pathが通っているディレクトリ）。

次にxcがあるディレクトリで

mkdir build

cd build

lndir ../xc

この後に

make WORLDOPTS=-k World >& World.log 2>&1

mkdir /usr/X11R6

make install DESTDIR=/usr/X11R6（エラーが出るけど、とりあえずいいか。。。）

make install.man DESTDIR=/usr/X11R6

詳しい内容はxc/BUILDに書いてある。

Vine4.2でのWideStudioインストール 備忘録

Vine4.2でWideStuidioをインストール

しようとして苦戦したことのメモ。

/usr/X11R6/lib/

や

/usr/X11R6/include/X11/

に必要なファイルがあるか確認

（今回はVine4.1から持ってきたりして対処）。

あとは

ln -s /usr/X11R6/include/X11 /usr/include/X11

としておく必要があるみたい。

PGPLOTインストール覚書

Vine4.2でのPGPLOTインストール時に躓いたことの覚書。

まずはdrivers.listでコメントアウトを外すデバイスに関して。

GIF
VGIF
LATEX
NULL
PS
VPS
CPS
VCPS
XTERM
XDISP
XWINDOW
XSERV

を外した。LATEXとXDISPはいらない気もするが、

これをコメントアウトしているのとしていないのとでは

コンパイルするものが変わって、たまたまかもしれないが

コメントアウトしていた時はmakeが通らなかった。。。

あとはFFLAGD=-fno-backslash -nbs

LIBSに-L/usr/lib/gcc-lib/i386-vine-linux/3.36 -lgcc -lm -lc -lbsd

PGPLOT_LIBに-L/opt/intel/Compiler/11.0/081/lib/ia32 -lsvml

を追加。

あと重要なのが/usr/X11R6/include/X11/にpixmapsしかなく、

/usr/X11R6/lib/libX11.a(so)もなかったので

Vine4.1からコピーした。

CFDソフト インストール覚書

ニューノートPCの設定もほぼ出来てきました。

VMware Playerのインストールやら、Fedora10, Vine4.2のインストール。

さらにはIntel Fortran Compiler, PGPLOTのインストール。

Vine4.2に自作CFDソフト（Vine4.1用）をインストールした時に躓いた点をメモ書き。

GUIの起動は問題なし。CFD計算用パラメータファイルの作成なども問題なし。

さらにはCFD計算実行も問題なし。

しかしPGPLOTによる可視化で問題発生。

Vine4.1でコンパイルした可視化用プログラム（pgplot.exe）では

未定義のシンボルエラー（log10_...←詳細はメモし忘れ）が出て可視化できず。

Vine4.2でコンパイルしたものと置き換えたら、上記エラーは解決も今度は

libsvml.soがない（cannot open shared object file: No such file or directory）

と言われてエラー。

解決方法は

~/.bashrcのLD_LIBRARY_PATHに

/opt/intel/Compiler/11.0/081/lib/ia32/

を追加。

これで可視化もできるようになった。

少年メリケンサック 見てきました

公開初日に見てきました。

篤姫人気で混んでるかと思ったらスカスカでした。

内容は、大笑いするような映画かと思っていたのですが

苦笑失笑ものでした。でもつまらないとかではないです。

満足度はかなり高いです。

宮崎あおい、佐藤浩市が思いっきりはじけて、下ネタ連発で

すごく貴重な映画だと思います。

宮崎あおいの「揺れないよ！」にはうけたなー。



土曜から花粉が飛びまくりですね。

たまらず出先で薬とマスクを購入。

TOEIC結果

3回目（IPを入れれば4回目）の結果が来ました。

775点！

これまでの経過は590→705→775。

手ごたえとしてはよくて前回と同じ、

650～700くらいかと思っていたのですが

思いのほかよかったです。

あいかわらずリスニングの方が大分よくて、

415＋360＝775。リーディングを頑張れば800越えが狙えそうなんだけど。

てっとり早く点を上げたい方には以下の本をお勧めします。

リスニングの難関といえば、Part3＆4だと思います。

ここで点を稼ぐには問題文と選択肢を英文放送前に

先読みすることが必須、

というのは分かっていても、なかなか実行するのは難しくないですか？

これを簡単に出来るテクニックが載ってます。

New ノートPC

モバイルノートを買っちゃいました。

メモリ4G＋ターボメモリ4Gを積んだ高スペックPCです。

今日は設定だけで終わってしまいそうです。

でも楽しいっす。

少年メリケンサック

2/14から公開の少年メリケンサック、

主演は篤姫こと宮崎あおいさんです。

当然のことながら見に行かせていただきます。

今日買い物のついでに本屋によったところ、

少年メリケンサックのムック本を発見。

主要キャラの皆さんのインタビューが載っていて

非常に面白かったです。

ちゃんと認識してなかったけど、

篤姫で見かけた三宅弘城さん、新選組！にも出てたんだ。

実生活でも（監督の宮藤官九郎さん他と）バンドを

組んでいるそうだ。こういう人って何か多才で羨ましいな。

篤姫 DVD

去年は篤姫の一年であったと言っていいほどはまってました。


薩摩時代、御台所時代、天璋院時代と宮崎あおいの演技の変化に

心うたれたのもあるし、新選組！以来、幕末への思い入れが強いってのも。


この第壱集には御台所時代の終盤（27話）までが収録されています。

篤姫の実父,実母役の長塚京三さん、樋口可南子の演技には

本当に泣きそうになりました。

あと気に入っているのが、第16回「波乱の花見」だったと思うが

島津斉彬と西郷隆盛との会話。終盤で非常に重要な意味を持つ会話が

この段階でなされていたというのは素直に脚本がすばらしいってことだと思う。


そうだ、あとはオープニングが非常にいいのも忘れてはいけないポイント。

冬休みですね

会社最終日に忘年会あったんですが、非常に寒く風邪ひいてしまい
まだ体調が優れません。

●Linux関連、作業メモ
emacsがインストールされていなかったので、
yum install emacs.x86_64を実行。

メジロチャンプがひいらぎ賞を勝利！
来週のジュニアカップに特別登録をしている。
出走するのかな？

64bit化 その6 pgplotによる可視化を確認

pgplotのインストールは

http://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/linux/?PGPLOT

にあるように、

・tar.gzを展開したディレクトリ（例:/usr/local/src/pgplot）でmakeをしてはいけない。

/usr/local/pgplotを作成して、そこにdrivers.listをコピーし、

/usr/local/src/pgplot/makemake /usr/local/src/pgplot linux g77_gccを実行し、

make

という手順をとらないといけないみたい。

ついつい忘れてしまい、展開したディレクトリでmakeをしてしまった。

あとmakefile中で、

/usr/X11R6/include→/usr/include

/usr/X11R6/lib→/usr/lib64

の変更を実施してからmakeすること。

●それでも、GIFに出力する際に、大量のエラーが。
　64bit版ではX or PSファイル、どちらかへの出力にするしかないか？

64bit化 その5 WideStudioのインストール防備録

64bit OS（Fedora 9 x86_64版）でのWidoStudioインストール時のエラー対応防備録。

１.

./configure実行時に

make[1]: *** 'sedscript' に必要なターゲット

'/usr/lib/python2.5/config/Makefile' を make するルールがありません. 中止.

というエラーが出る。

とりあえずの対処法：ws-v3.98-1/src/configureで
if [ $has_python = 0 ]; then
echo "No Python.."
の１行前に
has_python=0
を加える（先頭に$は不要。=の前後にスペースも入れてはいけない）。

2.
ws-v3.98-1/src/png/でのmakeでエラー。

対処法:png.cppのコンパイルとその後のリンク時に-fPICオプションを追加。
g++ -O2 -fPIC -Wall -Wno-format -fsigned-char -DFUNCPROTO -DXTFUNCPROTO -I../../include -I. -I/usr/include -I/usr/local/include/libpng -DWS_DEFAULT_DIR=\"/usr/local/ws\" -DLINUX -c png.cpp -o ./runtime/png.o

g++ -o ../../lib/libwspng.so -shared -Wl, -soname,libwspng.so -fPIC -L/usr/lib64 -lpng -lZ ./runtime/png.o -L/usr/lib64 -lXext -lXt -lX11 -ldl -lSM -lICE -lpthread

●それでもまだインストールは上手くいっていません。

64bit化 その4

昨日に引き続き作業。

上手くいかない。。。

エラーメッセージの内容は

Can't locate ExtUtils/Embed.pm in @INC (@INC contains: /usr/lib64/perl5/5.10.0/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/5.10.0 /usr/local/lib64/perl5/site_perl/5.10.0/x86_64-linux-thread-multi /usr/local/lib/perl5/site_perl/5.10.0 /usr/lib64/perl5/vendor_perl/5.10.0/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.10.0 /usr/lib/perl5/vendor_perl .).
BEGIN failed--compilation aborted.
In file included from mpfc_wrap.cpp:25:
mpfc_wrap.cpp1:442: error: expected unqualified-id before string constant
mpfc_wrap.cpp1:443: error: expected initializer before ‘*’ token
mpfc_wrap.cpp1:448: error: ‘SwigPerlWrapperPtr’ does not name a type
In file included from mpfc_wrap.cpp:25:
mpfc_wrap.cpp1:37044: error: too many initializers for ‘swig_command_info’

↑のエラーメッセージが多数出力され、その後

mpfc_wrap.cpp1:37051: 警告: ‘current_interpreter’ initialized and declared ‘extern’
mpfc_wrap.cpp1: In function ‘void boot_mpfc_perl(PerlInterpreter*, CV*)’:
mpfc_wrap.cpp1:37071: error: ‘struct swig_command_info’ has no member named ‘wrapper’
mpfc_wrap.cpp1:37055: 警告: unused variable ‘items’
mpfc_wrap.cpp1: At global scope:
mpfc_wrap.cpp1:175: 警告: ‘swig_type_info* SWIG_TypeDynamicCast(swig_type_info*, void**)’ defined but not used
mpfc_wrap.cpp1:188: 警告: ‘swig_type_info* SWIG_TypeQuery(const char*)’ defined but not used
mpfc_wrap.cpp1:717: 警告: ‘int swig_magic_readonly(PerlInterpreter*, SV*, MAGIC*)’ defined but not used
make[1]: *** [mpfc_wrap.o] エラー 1

となる。原因を考える気にもなれない。眠い。。。

64bit化 その3

今週も帰ってきました。そして作業中。

今回はWideStudioのインストールに大苦戦。

ライブラリやらヘッダーファイルやらの在り処（ディレクトリ構成）がまったく違うのが原因。

とりあえずmakefile中で

/usr/X11R6/lib--->/usr/lib64

/usr/X11R6/include--->/usr/include

の変更をしてコンパイルをしてみている。

現在はws-V3.98-1/src/perllib/でmakeをしているが、

EXTERN.h, perl.hがないと怒られている。

そこで以下のコマンドを実行

（http://fleur.hio.jp/perldoc/perl/5.8.8/pod/perlembed.pair.htmlを参考にしてみた）。

perl -MConfig -e 'print $Config{archlib}'

すると

/usr/lib64/perl5/5.10.0/x86_64-linux-thread-multi

を返してきた。そこに"CORE"というディレクトリがあり、その下に

EXTERN.h, perlh

があるのでコンパイルオプションに

-I/usr/lib64/perl5/5.10.0/x86_64-linux-thread-multi/CORE/

を追加。でもまだ

Can't locate ExtUtils/embed.pm in @INC ...

という長ーいメッセージが。今日はここまでか。。。。。

64bit化 その2

昨日に続き作業中。

可視化用プログラムのコンパイルで大苦戦。

エラー内容は以下の通り。

ld: ./a.out: hidden symbol '_svml_sincosf4' in /opt/intel/Compiler/11.0/069/lib/intel64/libsvml.a(svml_ssincos4.o) is referenced by DSO
ld: final link failed: Nonrepresentable section on output

解決方法は、コンパイル時のオプションに

-L/opt/intel/Compiler/11.0/069/lib/intel64/ -lsvml

を加えること。分かってしまえば何てことはないのですが、解決するのに膨大な時間を使ってしまった。

64bit化 その1

実家のPCが最新デスクトップに変わりました。

CPUがCore2 Duo。ということでCFDソフトの64bit化がしたくなったので

先週から（2週連続で実家に帰って）作業をしています。

今日の午後いっぱいを使ってやっとインテルFortranコンパイラーのインストールが完了。

まず入手できるHPが変わっているようなので注意。

http://www.intel.comに行き、

Work

という部分をクリック。続いて

Software

という部分をクリック。さらに

Compilers

をクリック。Linuxで動かすので

Linux*

をクリック。非商用版ならば無期限なので、ページ右側にある

Free Non-Commercial Download

と書かれたタブをクリック。

Accept

と書かれたタブをクリックすれば、コンパイラ一覧が表示される。

Intel Fortran Compiler Professional Edition for Linux

をクリックして、メールアドレス、国/地域を記入して送信すれば、メールが送られて来て

ダウンロードページに行けますし、シリアルナンバーも書かれています。

一番苦労したのはインストール後、実際コンパイルを実行した時の次のエラー。

/opt/intel/Compiler/11.0/069/bin/intel64/fortcom: error while loading shared libraries:
libstdc++.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory
ifort: error #10273 /opt/intel/Compiler/11.0/069/bin/intel64/fortcom の致命的な
エラー、0x7fで終了しました。

解決法を先に書きますと、まず

yum provides libstdc++*

を実行します。これでlibstdc++*が含まれるパッケージの一覧を表示してくれるようで

（私もいろいろネットで調べて、こうすればいいんじゃないかと手当たり次第やったのでよく分かってません）

その中にx86_64用らしいcompat-libstdc++-33.x86_64というのがありましたので

yum install compat-libstdc++-33.x86_64

を実行したところ解決しました。

順を追って書きますと、最初は

yum provides libstdc++.so.5

を実行したのです。そうすると

compat-libstdc++-33.i386

しか表示してくれないのです。明らかに32bit用なのですが、

当然これをインストールしても解決しません。

というかもともと/usr/lib/にはlibstdc++.so.5はあるんですよね。

それで/usr/lib64/にはlibstdc++so.6だけしかない。

なので上記のようにlibstdc++*としてみたわけなのです。

落選

東京マラソンの抽選に落ちました。残念。

でも週一でのジョギングは継続したいです。

まあ、もともとはバスケのための体力づくりだったのだけど。

何か目標を作らないと続かないたちなので。

また久々の投稿

生きてます。

久々にログインしたついでに投稿。

1次元TCUP法が一応完成（コンパイルは通った）。

2相流が解けるという触れ込みの手法。

ただし物性値をどう与えるかが難しい。

粘性率とかジュールトムソン係数とか初めて扱うので。

でも理想流体の場合は考えていなかった物理を扱えるので、

ちゃんと完成したら楽しそうだ。

久々に投稿

ここのところまったく投稿してませんでした。

最近は

映画"クライマーズ・ハイ"を見て以来、原作を読んで、NHK版ドラマを見て、

山崎豊子の"沈まぬ太陽　御巣鷹山編"を読み始めるなど、

日航123便の墜落事故関連の作品を読んだり見たりしてます。

もうすぐ23年目です。

以下、航空会社の安全性について。
http://allabout.co.jp/travel/airticket/closeup/CU20050520A/
http://www.airsafe.com/events/regions/asia.htm

まあ、車に乗るよりはずっと安全っていうのは理屈では分かるけど。

話題を変えて、

ライアン産駒のメジロチャンプが新馬勝ちをしました。

美坂良　馬なり　49.5　--.-　24.4　12.5

という、この時期の2歳馬としては猛時計を出していたので、期待はしてました。

来週の函館2Sを予定とのこと。距離を伸ばして欲しいんだけど。

じっくり見守りたいと思います。


ジュビロは相変わらず。。。

勝ったり負けたり。前田の復帰、得点が救い。


CFDソフトは、、、

ほとんど触れていません。

本当に気液2相流解析が出来るという話のTCUP法を自作したいんですが。

メジロジーニーが勝った

土曜新潟のみ勝利戦2200Mで見事勝利！

前走出遅れて、3～4角で一気にまくっていき

差のない7着だった時は、間もなく

勝ちあがれるかなとは思ったけど。

菊花賞出走が叶えば最高。

ジュビロは泥沼。3連敗。内容がまったく駄目。

ディフェンス陣何やってんだよ。守れない、正確に前に繋げない。

前田もドフリー外すし。2連勝した時はFC東京戦を

見に行こうかと思ったけど、やめといて正解。

調子の良かった湘南もセレッソに負けて3位に後退。

サッカーに関してはまったくいいことなし。

CFDはCIP-CCUPに取り掛かろうかと思っております。

圧縮・非圧縮の統一解法です。

青葉賞

ドリームキューブが青葉賞に挑戦です。

メンバーはかなり揃った感じですが、

是非ともダービー出走権を取って欲しい。



ジュビロは2連勝中。でも内容は伴っていないみたいだけど。

明日はダービーです。3連勝なるか？

前田、カレンはいつ復帰なんだろ。

●CFDソフト
CIP法版のソフトも公開しました。

GUIで変わったのは人工粘性のパラメータに関してだけなので

ユーザーから見たらあんまり差は分からないですが。

ただしRoe法版とじっくり結果を見比べると差が見つかるでしょうが。

5着

ライアン産駒のレッツゴーキリシマが皐月賞に出走しました！
スプリングステークスとは違い、先行策。
やっぱり持ち味を生かすにはこれですね。
直線は熱くなれました。最後失速しましたが5着に粘った。
次はNHKマイル？

CIP法のコードが完成。
GUIも少し手を加え、公開準備も終わった。
しかし、大学のコンピュータが落ちているのか転送できません。
復旧したら公開予定。

久々

約2ヶ月ぶりの投稿。

●フリーのCFDソフト作成
ちょこちょこ進めてます。
CIP法の公開準備をやっと開始。

●競馬
ドリームキューブが500万戦を逃げ切り、
来月頭の、ダービートライアル青葉賞に出走予定とのこと。
もしダービー出走できたら見にいきたいな。
ブライト産駒ラスト世代だし。これを逃したらもうないんだもんな。
ドリームアビームは間に合わないか。。。

●TOEIC
3月に受験。公式テストは初（IPテストを1回）。
やはりリーディングの時間が足りなくなった。
もっと練習せんと。平均点くらいでした。

保守

久々アップ。

GPS（自作CFDソフト）はちょいちょいパワーアップさせてます。

CIP法コードを作ってます。

今年のクラシックはブライト産駒の

ドリームアビーム、ドリームキューブに期待

しているのだが…。

特にアビームは気性さえ成長してくれたら、と思ってる。

ライアン産駒のレッツゴーキリシマにも期待。

グラーフ

期待していたメジロアリオン、ドリームキューブの
ブライト産駒の牡馬２頭が案外な結果に終わった。

一方牝馬だけど、前走5着だったグラーフが
1800という今の2歳戦では長距離の未勝利戦に
快勝。今後も注目。

情報技術者試験が様変わりするみたい。
ソフト開発技術者→応用情報技術者
に変更？基本、応用という区分けですか。。。

インストールノートを作成中

Intel Fortranコンパイラ、PGPLOTライブラリ、そして
GPS（フリーのMHDシミュレーションソフト）本体の
インストールノートを作成中。結構前にインストールしたので
どこで苦戦したのか思い出せない。
でもこのブログを見直して書き進めていきます。

先週は、トップオブマジックが惜しい2着も
スズカライアンが快勝。

今日はカレンナサクラが惜しい3着。
追い込み馬って勝ちきれないのが悲しい。

明日のオナーチェイサーに期待。

スカイレイ、早く帰ってこい！！！

7着

アリオンの2戦目は7着。

今日もゲートを出てすぐに追われていた。
それでも追走に一杯いっぱいということはなく、
少しずつ競馬らしくなっている。
競馬を学んでいるといったところか。

オナーチェイサーが1000万下2000Mを逃げ切り。

ソフトウェア公開用のページを仮オープン。
スクリーンショットを何枚か載せました。
http://www.kusastro.kyoto-u.ac.jp/~hiromitu/GPS.html

夏休みも終了したし

自作ソフトの公開へ動きだそうかと思うこのごろ。

馬インフルエンザでメジロジーニーの
未勝利戦（札幌芝1800M）が流れた…。
距離が延びて期待だったのだが。
来週か？

明日はアリオンの2戦目。
一気に距離延長の2600M。
騎手は和田騎手に。
やっぱり期待しちゃいますよ。

ライアン産駒では
オナーチェイサーに期待。

一応⇒本当に、完成

メモリ不足かと思い
http://www1.plala.or.jp/yuuto/linux/p07.html
を参考にスワップを増やして試すも、
前日と同様に落ちる。
ただし全て設定し終わってなかったので、
とりあえず全部設定した実行ファイルを作っておくことに。

一応実行してみると…
普通に動く。何で？理由は不明も本当に完成！！
これで気持ちよく盆休みを迎えられる。

アリオンのデビューが決定。
日曜小倉3R、3歳未勝利戦、2000M。
調教タイムなどの情報が乏しいのが不安。
でも好走を期待！！

（一応）GUI完成

可視化まで出来るようになりました。
ただし、可視化のパラメータを入力する
インプットフィールドでTabキーによる
フォーカス移動をさせようとすると、
セグメンテーション違反が発生。
メモリー不足が原因？

何度か試したけど駄目でした。
気持ちよく盆休みを迎えたいので、
もうGUI作りは終わりにしようかと思います。
必要機能は全て組み込めたので。

それにしても大部分の設定をGUIで行える
CFDソフト（プリ、ポスト含む）が自作出来て、われながら大満足。
そのうち公開してみようかと思っています。

今週末にメジロアリオンがデビュー予定とのこと。
土曜に実家に帰る予定だったけど、一日遅らせようかな。

コルセア

メジロコルセア（メジロドーベルの全弟）が
みなみ北海道ステークス（オープン）を勝ちました。

去年は同レースに3連勝で臨み、
1番人気も5着に敗れ、その後の成績は振るわず。
休養を挟んで久々のレース。
軽量にも（恐らく渋った馬場にも）恵まれ快勝です。

毎度のことながら、あとはブライト産駒の
スカイレイとアリオンの兄弟が活躍してくれれば。

GUI作りは佳境に入ってきました。
ボタンを押すと、makefileの作成（perlプログラム）やら
makeの実行（実行ファイルを作るだけ）、計算実行まで
出来るようになりました。なんかソフトウェアって感じになって
きました。今は可視化の部分を作ってます。
ほんとうは年休とってでも、盆休みまでには完成させたいのだけど、
報告書の月で忙しいのと、とある事情で年休はなるべく
取っておきたいので休まず。
完成するかなー。

うーん

デビュー戦は4人気の6着。
馬体はよく見えたけど、
レースではいきっぷりが悪い。

パドック解説の人が言っていたとおり、
使いつつよくなってくれるとよいのだが。

アリオン、早くデビューしないかな。
スカイレイ、早く帰ってこーい。

メジロジーニー出陣

長距離で活躍したブライトの子のデビュー戦としては
ちょっと距離が短いかな、とは思うが
函館1200Mでデビュー。
この時期に勝てたら先への期待が膨らむ。

rootのパスワード忘れ

rootのパスワードを忘れてしまったので、以下のページを参考に変更。

http://www.atmarkit.co.jp/flinux/rensai/linuxtips/037lostrootpasswd.html

というのもWideStudioでGUI作りをしていたら、
セグメンテーション違反で落ちてしまって、
理由もわからない。マシン自体を再起動して
再度試してみるか、と再起動したらrootでログインできない
（rootで作業しているのがいけないのだろうけど）。

VMwareでLinuxを使っているので
まったくといっていいほどシャットダウンさせておらず、
つまりログインしっぱなしでほっておいたので、
忘れてしまったというわけ。

再起動してもやはり、セグメンテーション違反は治らず。うーん。。。